做realtimepcr,逆轉錄引物怎么選擇
顯然是選random primer更好,其實說明書是有寫的啦,原因是RT-PCR逆轉錄是要得到一個所有的RNA的cDNA庫,然后再P出你要的“幾個基因”,所以不是每個基因的mRNA都是有polyA的,很多都是沒有的,microRNA,piRNA,很多都沒有哦,所以如果你用oligo dT引物,就自然會miss掉很多(確實是很多)的RNA,而隨機引物不會有這個問題,用它反轉錄出來的cDNA豐度更高,結果更加準確!!......閱讀全文
關于逆轉錄PCR引物的選擇
對靶序列中潛在的引物位點進行分析, 這些位點應該不會形成同源多聚體結構,也沒有明顯的形成二級結構的趨勢,不會自身互補,與基因組中的其他序列無顯著的同源性。 (1)依據寡核苷酸引物與其靶序列形成雜合分子的熔解度的計算中提供的公式計算各引物的熔解溫度。 (2)選擇一對匹配完好的正向和反向引物。兩
lncRNA逆轉錄的引物如何設計
目前發現的大多數lncRNA都帶有poly(A),可以通過Oligo(dT)、隨機引物進行反轉錄擴增合成cDNA
做real-time-pcr,逆轉錄引物怎么選擇
顯然是選random primer更好,其實說明書是有寫的啦,原因是RT-PCR逆轉錄是要得到一個所有的RNA的cDNA庫,然后再P出你要的“幾個基因”,所以不是每個基因的mRNA都是有polyA的,很多都是沒有的,microRNA,piRNA,很多都沒有哦,所以如果你用oligo dT引物,就自然
逆轉錄聚合酶鏈反應的合成cDNA引物的選擇
1. 隨機六聚體引物:當特定mRNA由于含有使反轉錄酶終止的序列而難于拷貝其全長序列時,可采用隨機六聚體引物這一不特異的引物來拷貝全長mRNA。用此種方法時,體系中所有RNA分子全部充當了cDNA第一鏈模板,PCR引物在擴增過程中賦予所需要的特異性。通常用此引物合成的cDNA中96%來源于rRNA。
引物溶解引物保存
1. 如何測定引物的OD值?用紫外分光光度計在260nm波長測定溶液的吸光度來定量,請注意紫外分光光度計的使用,測定時溶液的吸光度最好稀釋到0.2~0.8之間(吸光度太高或太低會有較大的誤差)。DNA干粉用一定體積的水充分振蕩溶解以后,取部分溶液稀釋到1 ml 并在1 ml 標準比色皿中測定其吸光度
引物溶解引物保存
1. ?如何測定引物的OD值? 用紫外分光光度計在260nm波長測定溶液的吸光度來定量,請注意紫外分光光度計的使用,測定時溶液的吸光度最好稀釋到0.2~0.8之間(吸光度太高或太低會有較大的誤差)。DNA干粉用一定體積的水充分振蕩溶解以后,取部分溶液稀釋到1 ml 并在1 ml 標準比色皿中測定其
引物設計的引物設計原則
1、引物長度一般為15-30bp,常用的為18-27bp,但不能大于38bp;2、引物GC含量一般為40%-60%,以45-55%為宜,上下游引物GC含量和Tm值要保持接近;3、引物所對應的模板序列的Tm值最好在72℃左右,至少要在55-80℃之間,Tm值曲線以選取72度附近為佳,5'到 3
引物設計的引物設計原則
1、長度:15—30bp,其有效長度[Ln=2(G十C)十(A十T)]一般不大于38,否則PCR的最適延伸溫度會超過Taq酶的最佳作用溫度(74度),從而降低產物的特異性。2、G十C含量:應在40%一60%之間,PCR擴增中的復性溫度一般較Tm值低等于引物的Tm值減去5—10度。引物長度小于20時,
引物設計的引物設計原則
1、引物長度一般為15-30bp,常用的為18-27bp,但不能大于38bp;2、引物GC含量一般為40%-60%,以45-55%為宜,上下游引物GC含量和Tm值要保持接近;3、引物所對應的模板序列的Tm值最好在72℃左右,至少要在55-80℃之間,Tm值曲線以選取72度附近為佳,5'到 3
引物設計的引物設計原則
1、引物長度一般為15-30bp,常用的為18-27bp,但不能大于38bp;2、引物GC含量一般為40%-60%,以45-55%為宜,上下游引物GC含量和Tm值要保持接近;3、引物所對應的模板序列的Tm值最好在72℃左右,至少要在55-80℃之間,Tm值曲線以選取72度附近為佳,5'到 3
什么是上游引物和下游引物
雖然這個問題很簡單,但我怎么發覺挺難回答的......上游引物就是和要擴增基因片斷上游序列結合的引物(引物就是單鏈寡聚核苷酸,基因擴增需要從引物開始),同理,下游引物指與目的基因片斷下游序列結合者。具體示意如下:(上下兩條長線代表DNA模板)5'-----------------------
快速了解反轉錄引物隨機引物
隨機引物是指當特定mRNA由于含有使逆轉錄酶終止的序列而難于拷貝其全長序列時,可采用隨機六聚體這一非特異的引物來拷貝全長mRNA。 1.特異性引物一般在增低豐度目的基因才選擇使用,用得比較少。一般都推薦用Oligo(dT)或隨機引物代替基因特異性引物。由于rna的二級結構破壞不完全,導致特異性
設計引物遵循原則、引物保存和各種PCR的引物設計
一 設計引物應遵循以下原則1 、引物長度: 15-30bp,常用為20bp左右。2 、引物擴增跨度: 以200-500bp為宜,特定條件下可擴增長至10kb的片段。3 、引物堿基:G+C含量以40-60%為宜,G+C太少擴增效果不佳,G+C過多易出現非特異條帶。ATGC最好隨機分布,避免5個以上
PCR引物
PCR?Primer Design and Reaction Optimization?(Molecular Biology Techniques Manual)??PCR Primer Design?(Newman Lab)??PCR Primer Design?(Eppendorf)Detail
PCR引物
PCR Primer Design and Reaction Optimization?(Molecular Biology Techniques Manual)??PCR Primer Design?(Newman Lab)??PCR Primer Design?(Eppendorf)Detail
逆轉錄的簡介
逆轉錄(reverse transcription)是以RNA為模板合成DNA的過程,即RNA指導下的DNA合成。是某些病毒的復制形式,需逆轉錄酶的催化。艾滋病病毒(HIV)就是一種典型的逆轉錄病毒。 逆轉錄與反轉錄嚴格意義上來說沒有什么區別,但是逆轉錄是某些病毒的自主行為,如逆轉錄病毒,它們
設計引物時需要避免引物之間形成什么而造成引物自連。
設計引物時需要避免引物之間形成_堿基互補配對。而造成引物自連。相同末端或相同黏性末端或相同平末端。末端特指雙鏈DNA分子的端位堿基,是專用名詞,不可以用在單鏈引物上。且引物之間的堿基互補配對不一定是所有堿基都能夠互補配對,少量配對也會使兩種引物結合在一起,從而不能獲得特異性DNA產物。
引物篇:普通PCR-和-QPCR-引物異同點
Q問題: 普通PCR 和 QPCR 引物 是否一樣? A 回答: 二者的設計原則有相同也有不同; 相同處: ? 序列的查找是一致的; ? 序列選取應在基因的保守區段; ? 選取合適的擴增片段大小 ?
上游引物和下游引物有什么區別
簡單的說上游引物就是和要擴增基因片斷上游序列結合的引物,下游引物指與目的基因片斷下游序列結合者.上游引物:DNA分子兩端不一樣,因為核苷酸分子不是對稱的,5'位有個磷酸,3'位是-OH 就是:磷酸端和羥基端。DNA復制總是從5’端到3’端,因為DNA聚合酶只能往3’端加核苷酸。下游引
引物篇:普通PCR-和-QPCR-引物異同點
Q問題: 普通PCR 和 QPCR 引物 是否一樣? A 回答:?????二者的設計原則有相同也有不同;相同處:??????????序列的查找是一致的;??????????序列選取應在基因的保守區段;??????????選取合適的擴增片段大小??????????避免引物自身或與引物之間形成4個或4個
通用引物和特異性引物的區別
通用引物,含義為克隆位點兩旁的序列匹配,目的是引擴出DNA片段,主要用來測序。而序列特異性引物指一種測定基因突變的方法。通用引物是一般和載體多克隆位點兩旁的序列匹配,或者是與載體里面的一些啟動、終止元件匹配。這樣不管載體插入什么DNA片段,都可以用通用引物擴出來。通用引物可以用來測序,但是只是“通用
PCR引物和測序引物有什么區別
一、定義不同:PCR是體外酶促合成特異DNA片段的一種方法,由高溫變性、低溫退火(復性)及適溫延伸等反應組成一個周期,循環進行,使目的DNA得以迅速擴增,具有特異性強、靈敏度高、操作簡便、省時等特點。測序引物分自帶引物和通用引物,自帶引物為客戶自行設計的PCR擴增引物或者載體及目的片段上設計的引物進
引物延伸實驗
實驗材料 RNA試劑、試劑盒 T4多核苷酸激酶dATP醋酸鈉乙醇EDTARNaseA苯酚氯仿儀器、耗材 恒溫培養箱NAP-5柱-70°C冰箱低溫離心機實驗步驟 1. ?依次加入下列試劑,建立用以標記引物的反應混合液(終體積10 μl)(1)2.5 μl ?H2O(2)1 μl ?10×T4多核苷酸激
引物參數計算
Simple javascript Oligo CalculatorOligo CalculatorEnter Oligo Sequence in BoxLength?Melting Temperature (Tm)??°C%GC contentMolecular Weight:??daltons
引物合成詳解
1. 引物是如何合成的? 目前引物合成基本采用固相亞磷酰胺三酯法。DNA合成儀有很多種, 主要都是由ABI/PE 公司生產,而Bioneer自行研制的ZL384并行高通量DNA合成儀,可實現99%的高合成率。無論采用什么機器合成,合成的原理都相同,主要差別在于合成產率的高低,試劑消耗量的不
什么是引物?
引物,是指在核苷酸聚合作用起始時,刺激合成的,一種具有特定核苷酸序列的大分子,與反應物以氫鍵形式連接,這樣的分子稱為引物。引物通常是人工合成的兩段寡核苷酸序列,一個引物與靶區域一端的一條DNA模板鏈互補,另一個引物與靶區域另一端的另一條DNA模板鏈互補,其功能是作為核苷酸聚合作用的起始點,核酸聚合酶
引物退火溫度
一般低4、5度就好了。如果你用軟件設計的引物,比如oligo6什么的,它會在tm之外給你一個operate t,就是操作溫度,用這個就好了。
引物延伸實驗
? ? ? ? ? ? 實驗材料 RNA 試劑、試劑盒 T4多核苷酸激酶 dATP 醋酸鈉 乙醇
怎么設計引物
選擇引物的一般規則設計和選擇引物時有5個要素必需注意。1 引物的3′末端不互補 引物的3′末端一定不能有很大的互補性,因為它們的互補會形成引物二聚體,這就會帶來很大的問題,例如合成出非專一的產物,極大地減少所期望產物的得量。有實驗表明,3′末端雙鏈的ΔG是0~-2 kcal/mol時,PCR產量幾乎
怎樣設計引物
一般是通過設計軟件,例如oligo6,primer5等,你可以在網上搜一下引物設計軟件下載和使用說明,是比較容易的。至于設計引物的一般原則如下:* 序列選取應在基因的保守區段* 避免引物自身或與引物之間形成4個或4個以上連續配對,避免引物自身形成環狀發卡結構* 典型的引物18到24個核苷長。引物需要