tRF測序應用于Biomarker研究
南京醫科大學第一附屬醫院腫瘤科副主任醫師殷詠梅教授長期從事消化道腫瘤和乳腺腫瘤的內科治療，近來，其實驗室利用tRF&tiRNA測序，發現在曲妥單抗敏感和耐受的乳腺癌細胞中，tRNA來源的小非編碼RNA分子tRF&tiRNA表達差異顯著。其中tRF-30-JZOYJE22RR33和tRF-27-ZDXPHO53KSN在Trastuzumab（曲妥單抗，一種抗乳腺癌藥物）耐受的臨床病人中明顯上調。結合臨床信息分析顯示，這兩個tRF表達上調的曲妥單抗耐藥乳腺癌病人與更差的無進展生存期具有明顯的相關性，預示著這兩個tRF可作為潛在的不良預后的生物標志物。該研究成果發表在2018年8月的Cellular Physiology and Biochemistry（IF：5.104）。（tRF&tiRNA測序由康成生物提供技術服務） ......閱讀全文
tRF測序應用于Biomarker研究
南京醫科大學第一附屬醫院腫瘤科副主任醫師殷詠梅教授長期從事消化道腫瘤和乳腺腫瘤的內科治療，近來，其實驗室利用tRF&tiRNA測序，發現在曲妥單抗敏感和耐受的乳腺癌細胞中，tRNA來源的小非編碼RNA分子tRF&tiRNA表達差異顯著。其中tRF-30-JZOYJE22RR33和tRF-27-ZDX
康成tRF測序應用于Biomarker研究
南京醫科大學第一附屬醫院腫瘤科副主任醫師殷詠梅教授長期從事消化道腫瘤和乳腺腫瘤的內科治療，近來，其實驗室利用tRF&tiRNA測序，發現在曲妥單抗敏感和耐受的乳腺癌細胞中，tRNA來源的小非編碼RNA分子tRF&tiRNA表達差異顯著。其中tRF-30-JZOYJE22RR33和tRF-27-Z
454測序應用于花生種子敗育研究
?????? 花生為豆科作物，是我國優質食用油主要油料品種之一，又名“落花生”或“長生果”，在全國各地均有種植，主要分布于遼寧、山東、河北、河南、江蘇、福建、廣東、廣西、貴州、四川等地區。在花生種子的生長發育過程中，胚栓插入土壤，膨壓將種皮推開后露出胚軸是一個重要過程，因此，胚栓入土失敗、胚軸的膨壓
mRNA測序應用于玉米籽粒dek突變體研究
2017年1月1日遺傳學期刊Genetics（影響因子4.6）在線發表了上海大學生命科學學院祁巍巍老師的有關玉米突變體基因克隆與功能分析新文章，題為：Mitochondrial function and maize kernel development requires Dek2, a pent
mRNA測序應用于玉米籽粒dek突變體研究
2017年1月1日遺傳學期刊Genetics（影響因子4.6）在線發表了上海大學生命科學學院祁巍巍老師的有關玉米突變體基因克隆與功能分析新文章，題為：Mitochondrial function and maize kernel development requires Dek2, a pent
tRFtiRNA：為什么以及如何研究它們？
概述 轉運RNA (tRNA)是一種參與解碼mRNA、翻譯蛋白質的接頭分子。近年來的研究表明tRNA還能作為小非編碼RNA (sncRNA)的主要來源之一，具有獨特且多樣的功能1。這些tRNA來源的ncRNA并非隨機降解的產物，而是通過精確的生物發生過程產生的 (圖.1) 。源自tRNA
tRFtiRNA：為什么以及如何研究它們？
轉運RNA (tRNA)是一種參與解碼mRNA、翻譯蛋白質的接頭分子。近年來的研究表明tRNA還能作為小非編碼RNA (sncRNA)的主要來源之一，具有獨特且多樣的功能1。這些tRNA來源的ncRNA并非隨機降解的產物，而是通過精確的生物發生過程產生的 (圖.1) 。源自tRNA的ncRNA
mRNA測序應用于玉米籽粒dek突變體研究（一）
2017年1月1日遺傳學期刊Genetics（影響因子4.6）在線發表了上海大學生命科學學院祁巍巍老師的有關玉米突變體基因克隆與功能分析新文章，題為：Mitochondrial function and maize kernel development requires Dek2, a pe
mRNA測序應用于玉米籽粒dek突變體研究（二）
dek2是一個保守的線粒體定位蛋白PPR蛋白在植物中廣泛存在。研究人員為了確認dek2的進化地位，構建了dek2全長蛋白序列的進化樹。結果表明，dek2同源基因廣泛存在于被子植物中，而在玉米中沒有同源基因（圖4）。對dek2的共聚焦顯微鏡亞細胞定位研究發現，dek2與線粒體marker存在共定位，即
tRFtiRNA：為什么以及如何研究它們？（三）
病理應激損傷??? 由缺氧、營養匱乏、氧化及代謝失衡等引起的應激反應能夠損傷細胞，催生疾病。這些應激條件刺激tRNA halves的產生。在毒性損傷、輻射以及缺血再灌注等組織損傷動物模型中，tRNA halves的產生與組織損傷程度呈現相關性，例如，應激導致tRNA構象改變，隨后促進ANG介
tRFtiRNA：為什么以及如何研究它們？（二）
?人類疾病tRFs&tiRNAs與多種病理狀況相關，甚至是致病因素，例如，癌癥、神經退行性疾病、遺傳性代謝疾病等 (圖5)。?圖 5.? tRFs&tiRNAs 分子功能和人類疾病。癌癥tRFs&tiRNAs在多種癌細胞系中差異表達，例如前列腺癌細胞系LNCaP和C4-2等。tRFs&tiRNAs在
tRFtiRNA：為什么以及如何研究它們？（一）
概述??? 轉運RNA (tRNA)是一種參與解碼mRNA、翻譯蛋白質的接頭分子。近年來的研究表明tRNA還能作為小非編碼RNA (sncRNA)的主要來源之一，具有獨特且多樣的功能1。這些tRNA來源的ncRNA并非隨機降解的產物，而是通過精確的生物發生過程產生的 (圖.1) 。源自tRN
快速發現Biomarker？
SELDI蛋白質芯片系統實現了來自小樣本的基于芯片的蛋白質和肽段圖譜與一個高通量分析平臺的一體化，可從大量復雜生物學樣品中快速獲得蛋白質分子量圖譜，發現Biomarker。ProteinChip SELDI系統用于從大量復雜生物學樣品中快速獲得蛋白質分子量圖譜，發現Biomarker。它使
臨床研究之路：NGS上下求索，Biomarker潮流所向
“雖然這方面的臨床研究一直很少被關注”但哈佛大學醫學院醫學助理教授Eli Van Allen在今年美國芝加哥召開的美國臨床腫瘤學年會（ASCO）上告訴聽眾說：“讓測序的結果成為臨床決策的依據現在已經部分實現。” 事實上，首個相關的概念驗證試驗：試圖根據測序的結果選擇患者的治療手段并沒有取得成
TRF是什么意思
荷爾蒙又叫激素：是英語的音譯一、定義激素是生物體產生的，對機體代謝和生理機能發揮高效調節作用的化學信使分子。激素是由內分泌腺或具有內分泌機能的細胞產生的。內分泌細胞是一些特殊分化的，對內外環境條件變化敏感的感應細胞，當他們感應到內外環境變化的刺激時，就合成并釋放某種激素。激素作為化學信使，不經導管進
MIDASTM確證Biomarker（一）
生物標志物的發現是一個復雜而漫長的過程，AB公司結合QTRAP系列質譜系統的獨特功能與掃描模式，創造性地開發出MIDASTM（MRM Initiated Detection And Sequencing）工作流程，滿足了生物標志物驗證與確認的4S要點，可以準確、快速、簡便地完成大樣本量
MIDASTM確證Biomarker（二）
鑒定過程共進行兩次實驗，約30多種蛋白質被鑒定出來，已鑒定的蛋白質如表1所示，其中紅色標注的蛋白又通過MIDASTM確認。兩次實驗結果相比較，重疊率低于75%。許多在第一次實驗中被鑒定但可信度較低的蛋白質，第二次實驗中并未產生更多的MS/MS圖譜，沒被再次鑒定出來，增加了鑒定與驗證確認的難度。
全外顯子測序應用于胃腺癌腹膜轉移的驅動基因研究
研究背景 胃癌是全世界發病率第五、腫瘤死亡率高居第三的常見惡性腫瘤[1]。其中，大約有40%胃癌發生于中國，多數人被診斷為胃癌時已是進展期，更容易轉移或者復發[2]。無論是早期胃癌還是晚期胃癌，腹膜轉移都是最常見的轉移或者復發方式[3-5]。由于目前沒有有效的治療手段，胃癌一旦發生腹膜轉移
全外顯子測序應用于胃腺癌腹膜轉移的驅動基因研究
研究背景 胃癌是全世界發病率第五、腫瘤死亡率高居第三的常見惡性腫瘤[1]。其中，大約有40%胃癌發生于中國，多數人被診斷為胃癌時已是進展期，更容易轉移或者復發[2]。無論是早期胃癌還是晚期胃癌，腹膜轉移都是最常見的轉移或者復發方式[3-5]。由于目前沒有有效的治療手段，胃癌一旦發生腹膜轉移
miRNA測序應用于阿爾茨海默氏癥新機制的研究
阿爾茨海默氏癥（Alzheimer's disease，AD）是一種神經性疾病。有研究表明，miRNA-Seq和全基因組測序鑒定到了一些非編碼RNA可能參與了其中的疾病形成。競爭性內源RNA（ceRNA）是非編碼RNA執行生物學功能的一種重要方式。然而，相對于其重要的生物學功能，只有部分
全外顯子測序應用于胃腺癌腹膜轉移的驅動基因研究－二
圖2. Sanger 測序驗證后的非同義體細胞突變，A，B分別代表胃癌原發灶和腹膜轉移灶中的非同義體細胞突變。??圖3.胃癌原發灶和腹膜轉移灶中驗證后的SNP分布。參考文獻1. Torre LA, Bray F, Siegel RL, Ferlay J, Lortet-Tieulent J an
全外顯子測序應用于胃腺癌腹膜轉移的驅動基因研究－一
研究背景胃癌是全世界發病率第五、腫瘤死亡率高居第三的常見惡性腫瘤[1]。其中，大約有40%胃癌發生于中國，多數人被診斷為胃癌時已是進展期，更容易轉移或者復發[2]。無論是早期胃癌還是晚期胃癌，腹膜轉移都是最常見的轉移或者復發方式[3-5]。由于目前沒有有效的治療手段，胃癌一旦發生腹膜轉移，患者的中位
腫瘤干細胞代謝重編程Biomarker及信號通路研究（一）
生物標志物（Biomarker）創新藥物（Novel Agents）研發過程中需要一系列敏感的標志物進行藥物療效，作用機制，毒副作用等評價。 美國國家癌癥研究所(NCI)藥物調查指導委員會(IDSC)生物標記物團隊審查了生物標記試驗、同行評審的文獻、NCI和美國食品和藥物管理局(Fda)的指導文
腫瘤干細胞代謝重編程Biomarker及信號通路研究（二）
3）Imipridones reprogram the transcriptome of GBM cells and suppress glycolysis and oxidative phosphorylation4）Imipridones enhance serine-one carbon-gl
454測序應用于HBV耐藥性突變檢測
HBV(Hepatitis B Virus)乙型肝炎是一種基因組長約3.2kb，部分雙鏈環狀DNA病毒。我國的乙肝病毒感染率約60%-70%，乙肝表面抗原攜帶率約占總人口的7%，以此計算，全國約有9300萬人攜帶乙肝病毒，其中乙肝患者大約有3000萬。由于HBV很
單細胞測序技術應用于癌癥無創診斷
2013年12月10日著名學術期刊美國《國家科學院院刊》(Proceedings of the National Academy of Sciences USA)在線發表了北京大學生命科學學院生物動態光學成像中心謝曉亮、白凡課題組與北大腫瘤醫院王潔團隊合作的研究結果。在題為“Reprod
單細胞測序技術應用于發育生物學研究登頂三大學術雜志
2019年即將結束，在這一年中，單細胞測序的火熱充分展示了該技術在科學研究領域的重要。發育生物學作為生命基本過程研究的基礎學科，單細胞測序技術是該領域研究突飛猛進的助推器。在這300多個日夜里，科學研究成果殿堂《Cell》、《Nature》、《Science》上有哪些發育生物學的成果跟單細胞技術
單細胞測序技術應用于發育生物學研究登頂三大學術雜志
2019年即將結束，在這一年中，單細胞測序的火熱充分展示了該技術在科學研究領域的重要。發育生物學作為生命基本過程研究的基礎學科，單細胞測序技術是該領域研究突飛猛進的助推器。在這300多個日夜里，科學研究成果殿堂《Cell》、《Nature》、《Science》上有哪些發育生物學的成果跟單細胞技術
單細胞測序技術如何應用于癌癥的早期診斷？
單細胞測序技術應用于癌癥的早期診斷主要體現在以下幾個方面：??1. 檢測癌前細胞的變化：可以識別出處于癌前病變階段的細胞中基因表達和表觀遺傳的異常，這些異常可能是癌癥發生的早期信號。??2. 發現罕見的腫瘤細胞亞型：在癌癥早期，腫瘤細胞的數量可能很少，但單細胞測序能夠檢測到這些少量的、具有獨特特征的
LncRNA芯片應用于胃癌研究
研究背景 在全世界分范圍內，每年因肝癌死亡的病例超過50萬人，是主要的致死惡性腫瘤之一。在過去的十年中，隨著影像學的進步以及健康體檢的普及，越來越多的肝癌病人在患病早期被發現。但由于肝臟捐贈者的短缺，外科肝臟切除術仍然是治療早期肝癌病人的最主要方法。目前對于術后患者缺乏準確