王建斌／黃巖誼合作組比較液滴超高通量單細胞RNA測序
自2009年湯富酬研究員首次報道其開創性工作【1】以來，單細胞RNA測序技術已經逐漸成為生物醫學研究的重要方法，其在發育生物學和干細胞領域展現出強大的應用前景。隨著單細胞轉錄組擴增方法的不斷優化，以及測序通量的持續提升，研究人員已經不再滿足于幾十甚至幾百個單細胞所提供的信息量。2015年以來，一系列基于細胞條形碼標記的高通量單細胞RNA測序技術被相繼報道，其中尤以哈佛大學David Weitz實驗室開發的inDrop【2】和Drop-seq【3】，以及10X Genomics公司開發的Chromium系統【4】最受關注。然而，如何從這些技術中選擇出最適合于自己項目的方法，成為每一個想從事單細胞轉錄組分析的科研人員首先面對的問題。 2018年11月21日，清華大學生命學院王建斌研究組和北京大學BIOPIC黃巖誼研究組以及上海交通大學附屬瑞金醫院劉峰研究員緊密合作，在Molecular Cell上發表了題為Comparativ......閱讀全文
單細胞RNA測序，眾多研究都pick它
多細胞測序和單細胞測序，你pick誰？如今，大多數研究人員也許會選擇后者，因為不一樣的角度，會帶來不一樣的見解。 多細胞測序和單細胞測序，你pick誰？如今，大多數研究人員也許會選擇后者，因為不一樣的角度，會帶來不一樣的見解。單細胞測序的最初動力來自癌癥研究，可幫助人們了解腫瘤異質性和腫瘤微環
單細胞RNA測序發現新的免疫細胞
最近在《Nature Immunology》發表的一項新研究，詳細檢測了一組新發現的免疫細胞（被稱為ILC）。通過對單個扁桃體細胞的基因表達進行分析，瑞典卡羅林斯卡學院的科學家們，發現了三個以前未知的ILC子群，并揭示了關于“這些細胞在人體中如何發揮功能”的更多信息。 先天淋巴細胞（ILC）是
計算小RNA分子的單細胞測序新法
最近，卡羅林斯卡學院的研究人員開發出了一種單細胞程序，測量了單個胚胎干細胞中短的非編碼RNA序列的絕對數量。這種新方法可以加深我們對于“基因是如何被調節、不同的細胞類型如何發展”的理解。相關研究結果發表在10月31日的《Nature Biotechnology》。當我們基因中的信息被使用時――例如構
更便宜、更全面的單細胞RNA測序技術
康奈爾大學生物醫學工程學院助理教授Iwijn De Vlaminck課題組開發了一款更健全的、低成本的方法解決了這個問題，不僅推動了單細胞基因組學發展，而且為感染和免疫生物學研究提供了一條新途徑。這篇題為“Simultaneous Multiplexed Amplicon Sequencing
單細胞測序，解密小RNA分子的未知功能
隨著科研人員對各種遺傳疾病和癌癥的深入挖掘，單細胞基因組方法捕獲的信息變得越來越重要。卡羅林斯卡學院（ Karolinska Institute）的研究人員近日公布了一種新方法，這種方法可以讀取個體胚胎干細胞中短的、非編碼RNA序列，有助于人們更好地理解基因如何調控不同細胞類型的發展。相關結
淺談單細胞RNA測序的技術與分析難點
如今，單細胞生物學是一個熱門話題。而在這一領域中，最前沿的則是單細胞RNA測序（scRNA-seq）。傳統“批量的”RNA測序方法（RNA-seq）可以一次處理成千上萬個細胞，并得到變異的平均水平。但是沒有兩個細胞是完全相同的，而scRNA-seq則可以揭示出每個細胞獨特的微妙變化，甚至可以揭示全新
干細胞先驅發表單細胞RNA測序新成果
人多能干細胞是研究人類胚胎發育的理想模型，可以揭示譜系分化背后的細胞和分子機制。不過，人們還不清楚單個干細胞如何退出多能狀態并轉化為相應的前體細胞。 Morgridge研究院的科學家們使用單細胞RNA測序（scRNA-seq）技術，對來自人胚胎干細胞的譜系特異性前體細胞進行了轉錄組分析，揭示了
Science：利用單細胞RNA測序分析黑色素瘤
單細胞分析是一種開創性方法，如今在整個生物領域中正被用來研究一個共同的問題：如何研究異質細胞群體中的細胞多樣性。這種多樣性能夠對細胞存活和增殖、對藥物療法和干預作出的反應以及很多其他的生物過程產生深刻影響。單細胞技術已被用于眾多研究---比如，研究自身免疫疾病中的免疫反應異質性，研究傳染病中的宿
Nature重磅！利用單細胞RNA測序構建人類肝臟細胞圖譜
肝臟是人體最大、功能最多的器官之一，在人體的新陳代謝及免疫過程中發揮著關鍵作用。更值得關注的是，肝臟還是人體唯一一種僅需原體積的25%，就能夠完全再生的內臟器官。另外，包括脂肪肝、肝癌及肝炎在內的各類肝病是當今世界最大的健康問題之一，也是導致死亡的主要原因。 盡管肝臟對人類健康極為重要，但健康
Nature重磅！利用單細胞RNA測序構建人類肝臟細胞圖譜
肝臟是人體最大、功能最多的器官之一，在人體的新陳代謝及免疫過程中發揮著關鍵作用。更值得關注的是，肝臟還是人體唯一一種僅需原體積的25%，就能夠完全再生的內臟器官。另外，包括脂肪肝、肝癌及肝炎在內的各類肝病是當今世界最大的健康問題之一，也是導致死亡的主要原因。 盡管肝臟對人類健康極為重要，但健康
《Nature－Methods》更便宜、更全面的單細胞RNA測序技術
微流控技術革新促進了單細胞RNA測序發展，它為單細胞基因組學提供了一種低成本、高通量的方法。然而，這種方法捕獲完整RNA轉錄信息的能力有限。（圖片來源：Cornell） 康奈爾大學生物醫學工程學院助理教授Iwijn De Vlaminck課題組開發了一款更健全的、低成本的方法解決了這個問題，不
單細胞基因組測序測的是什么dna還是rna
深度測序的read指的是高通量中雙端測序得到的一條條序列，如測序前將dna打成小的片段，測序是從這個片段的兩端測的，即會產生兩條reads。至于是mapping到基因組還是dna基因組，這要看你做什么了，一般基因組是指生物個體的全基因組。并不是所有測序都要rna反轉，這其實要看你想做什么分析，如做轉
單細胞RNA測序發現新視網膜神經節細胞亞型
單細胞測序技術填補了生命科學領域的許多空白，依靠這項技術，康涅狄格大學健康中心和杰克遜實驗室（JAX）的研究人員已經鑒定出了40種視網膜神經節細胞（retinal ganglion cells，RGCs）亞型，以及用于區分它們的遺傳標記和轉錄因子。 得益于液滴單細胞RNA測序技術（drople
北京大學Nature子刊單細胞RNA測序新成果
來自北京大學第三醫院、教育部輔助生殖重點實驗室的研究人員，采用先進的單細胞RNA測序技術繪制出了人類植入前胚胎和胚胎干細胞的轉錄組全景圖，這一重要的研究成果發表在8月11日的《自然結構與分子生物學》(Nature Structural & Molecular Biology)雜志上。
單細胞基因組測序測的是什么dna還是rna
深度測序的read指的是高通量中雙端測序得到的一條條序列，如測序前將dna打成小的片段，測序是從這個片段的兩端測的，即會產生兩條reads。至于是mapping到基因組還是dna基因組，這要看你做什么了，一般基因組是指生物個體的全基因組。并不是所有測序都要rna反轉，這其實要看你想做什么分析，如做轉
單細胞－RNA－測序揭示了體內不同的細胞異質性
植入體內的生物材料和設備具有廣泛的臨床應用，如組織再生和細胞移植。在細胞微環境的組成部分中，結構特征（宏觀，微觀和納米特征）在指導細胞行為方面起著至關重要的作用。 2021年5月26日，四川大學滿毅團隊在Science Advances 在線發表題為“Dissecting the microe
單細胞基因組測序測的是什么dna還是rna
深度測序的read指的是高通量中雙端測序得到的一條條序列，如測序前將dna打成小的片段，測序是從這個片段的兩端測的，即會產生兩條reads。至于是mapping到基因組還是dna基因組，這要看你做什么了，一般基因組是指生物個體的全基因組。并不是所有測序都要rna反轉，這其實要看你想做什么分析，如做轉
單細胞RNA測序發現新視網膜神經節細胞亞型
單細胞測序技術填補了生命科學領域的許多空白，依靠這項技術，康涅狄格大學健康中心和杰克遜實驗室（JAX）的研究人員已經鑒定出了40種視網膜神經節細胞（retinal ganglion cells，RGCs）亞型，以及用于區分它們的遺傳標記和轉錄因子。 得益于液滴單細胞RNA測序技術（drople
張鋒團隊開發出高通量的單細胞RNA測序方法
去年，Broad研究所的研究人員在《Science》上發表了一種稱為sNuc-Seq的單核RNA測序方法。這種方法讓人們能夠研究那些難以分離的單細胞中的基因表達譜。如今，Broad研究所領導的團隊克服了sNuc-Seq應用的一大障礙：規模。 8月28日，研究人員在《Nature Methods
單細胞RNA測序新成果－帶你解開心臟發育的長久謎題
制造一顆心臟，這不是簡單的事情。在子宮內，這個器官開始是一根管，芽珠狀的硬塊，自動折疊，最終變成了更熟悉的四腔結構。 但確切地說，心臟細胞是如何按照它們的基因程序，來構建這個復雜的、維持生命的泵狀器官呢？這仍然是一個謎。哈佛醫學院遺傳學教授、心臟病學研究員Jonathan Seidman說：“
利用單細胞RNA測序技術闡明機體多種類型味覺細胞機制
日前，一項刊登在國際雜志Scientific Reports上的研究報告中，來自美國濱州莫奈爾中心(Monell Center)的研究人員通過研究開發出了一種新技術能夠鑒別出了任何味覺受體細胞的一整套基因，相關研究或能幫助研究人員闡明味覺感受器細胞發揮特殊功能的分子機制。 研究者Sunil S
單細胞RNA測序新成果－帶你解開心臟發育的長久謎題
制造一顆心臟，這不是簡單的事情。在子宮內，這個器官開始是一根管，芽珠狀的硬塊，自動折疊，最終變成了更熟悉的四腔結構。 但確切地說，心臟細胞是如何按照它們的基因程序，來構建這個復雜的、維持生命的泵狀器官呢？這仍然是一個謎。哈佛醫學院遺傳學教授、心臟病學研究員Jonathan Seidman說：“
準確高效的單細胞RNA測序的最佳手段—Quartzseq2
為了確保單細胞RNA測序能夠使用最好的方法，日前研究人員對13種方法進行了基準性的測試，一項刊登在國際雜志Nature Biotechnology上的研究報告中，來自西班牙的科學家們通過研究發現，日本理化所開發的Quartz-seq2方法或許是進行單細胞RNA測序的最佳手段。圖片來源：CC0 P
單細胞測序需要準備什么再去測序
DNA測序的測序原理： DNA測序是指分析特定DNA片段的堿基序列，也就是腺嘌呤（A）、胸腺嘧啶（T）、胞嘧啶（C）與鳥嘌呤的（G）排列方式。快速的DNA測序方法的出現極大地推動了生物學和醫學的研究和發現。
單細胞測序方法匯總
單細胞生物學研究一直是當今的熱門話題，而且-前沿的領域就是單細胞RNA測序了（scRNA-seq）。常規RNA測序方法一次性能夠對成千上萬個細胞進行加工測序，并給出平均差異，但并沒有兩個細胞是完全一樣的，而新型的scRNA-seq方法就能夠揭示出制造每一種特異性的微小改變，甚至這種技術還能夠闡明完整
什么是單細胞測序？
單細胞測序是一種能夠在單個細胞水平上對基因組、轉錄組、表觀遺傳組等進行分析的技術。通過單細胞測序，可以：揭示細胞的異質性：了解即使是看似相同的細胞群體中，每個細胞在基因表達、染色質可及性等方面的獨特特征。發現新的細胞類型和狀態：識別出傳統方法難以區分的稀有細胞類型以及細胞在不同生理或病理條件下的特殊
Nature：單細胞測序（上）
Nicholas Navin所需要的就只是一個細胞――問題是如何得到它。這是在2010年，冷泉港實驗室的博士后研究員正在探究驅動乳腺癌的遺傳改變。此前的大部分癌癥基因組研究都是碾碎少量的腫瘤組織，一并將這些DNA進行測序，生成的是一張癌癥基因組的一致圖像。但Navin想要解析來自單個細胞的序
如何－解讀－單細胞－測序
單細胞測序是指DNA研究中涉及測序單細胞微生物相對簡單的基因組，更大更復雜的人類細胞基因組。簡介編輯細胞是生物學的基本單位，研究人員正更加努力地嘗試將它們進行單個分離、研究和比較。更大更復雜的人類細胞基因組。隨著測序成本的大幅度下降，破譯來自單細胞的30億堿基的基因組并逐個細胞比較序列正在變為現實。
如何－解讀－單細胞－測序
單細胞測序是指DNA研究中涉及測序單細胞微生物相對簡單的基因組，更大更復雜的人類細胞基因組。簡介編輯細胞是生物學的基本單位，研究人員正更加努力地嘗試將它們進行單個分離、研究和比較。更大更復雜的人類細胞基因組。隨著測序成本的大幅度下降，破譯來自單細胞的30億堿基的基因組并逐個細胞比較序列正在變為現實。
單細胞測序方法介紹
單細胞RNA測序（scRNA-seq）作為一種全基因組測序的方式，在單細胞層面廣泛用于確定細胞類型和細胞變異的鑒定。Namocell單細胞分離儀可以通過細胞標記CD27以及一種細胞活性的染料，來分選出單個活的B細胞。通過分析分離后的單細胞基因表達情況，對比靜息記憶B細胞，可以從單細胞層面研究基因表達