全球微生物組大數據搜索引擎上線
日前，中國科學院青島生物能源與過程研究所單細胞研究中心正式發布首個微生物組大數據搜索引擎——MSE（Microbiome Search Engine； http://mse.single-cell.cn），使得以整個微生物組為分析單元的智能搜索和大數據挖掘成為現實。 微生物組，又稱“菌群”。人體微生物組也被稱為每個人的“第二基因組”。一個“第二基因組”可由數百萬個微生物基因組成，其數據量是一個人類基因組的成百上千倍。根據人類已經積累的海量微生物組數據，尋找“結構”或“功能”類似的菌群樣本，從而實現對未知功能菌群的解讀和挖掘，以及對整個已知微生物組數據空間的全局性思考，一直是微生物組業界的關鍵瓶頸之一。對海量微生物組“大數據”的搜索、挖掘與機器學習，能夠幫助人們了解微生物組與相關疾病之間的關系，從而利用人體各個部位的共生菌群實現個體化的精準健康、精準護理與精準營養。 MSE通過建立針對微生物群落的超高速比對算法和數字索......閱讀全文
全球微生物組大數據搜索引擎上線
日前，中國科學院青島生物能源與過程研究所單細胞研究中心正式發布首個微生物組大數據搜索引擎——MSE（Microbiome Search Engine； http://mse.single-cell.cn），使得以整個微生物組為分析單元的智能搜索和大數據挖掘成為現實。 微生物組，又稱“菌群”。
微生物組大數據搜索引擎入選中國醫藥生物技術十大進展
目前，中科院青島生物能源與過程研究所研發的“微生物組大數據搜索引擎”（Microbiome Search Engine； MSE）入選“2016年中國醫藥生物技術十大進展”。 微生物組（又稱“菌群”）在人體中與生俱來，與人體健康息息相關。因此，對海量微生物組“大數據”的搜索與挖掘，有助于認
微生物所發表中國微生物組數據平臺
10月26日，《核酸研究》（Nucleic Acids Research）在線發表中國科學院微生物研究所微生物資源與大數據中心、世界微生物數據中心馬俊才團隊題為gcMeta: a Global Catalogueof Metagenomics platform to support the ar
全球最大的海洋微生物組數據庫建立
9月4日，《自然》在線發表中外科學家的合作成果，該成果建立了全球最大的海洋微生物組數據庫，從中發掘塑料降解酶、基因編輯工具、抗菌肽等重要基因資源。山東大學微生物技術國家重點實驗室教授李盛英為文章共同通訊作者，助理研究員劉琨為文章共同第一作者。該成果在《自然》報道? ?山東大學供圖微生物已在生物制造、
全球最大的海洋微生物組數據庫建立
9月4日，《自然》在線發表中外科學家的合作成果，該成果建立了全球最大的海洋微生物組數據庫，從中發掘塑料降解酶、基因編輯工具、抗菌肽等重要基因資源。山東大學微生物技術國家重點實驗室教授李盛英為文章共同通訊作者，助理研究員劉琨為文章共同第一作者。 微生物已在生物制造、生物醫藥、生物農業、環境治理等
基于微生物組大數據的疾病檢測方法來了
微生物組具有服務疾病診治與生態監控的巨大潛力，但是其影響因素錯綜復雜。如何通過菌群檢測實現快速精準的疾病診斷呢？中國科學院青島生物能源與過程研究所單細胞中心發明了基于菌群大數據搜索的疾病檢測方法，為此共性問題提供了原創的解決方案。該工作于3月17日在線發表于mSystems（美國微生物學會會刊）
微生物組測序分析的一大問題
BMC Biology雜志上的一項研究指出，許多已發表的微生物組研究其實受到了污染，錯誤的報告了來自于環境的雜菌。研究人員認為，在臨床樣本中檢測到出人意料的細菌時，不應過早將其于疾病聯系在一起。 我們機體內生活著不計其數的微生物，它們組成的生態系統就是微生物組。微生物組參與了許多重要的機體功能
數據標注優秀案例集之四十七－|－云藏搜索引擎藏文信息處理數據標注
云藏搜索引擎藏文信息處理數據標注 申報單位：海南藏族自治州藏文信息技術研究中心 推薦單位：青海省數據局 一、案例簡介 藏文信息處理面臨語言結構復雜、標注標準缺失、數字化資源不足等問題。本案例通過系統化數據標注技術，構建高質量藏文語料庫，賦能藏文信息化行業，推動藏文自然語言處理技術的進步和實用
青島能源所微生物組大數據分析工具開發獲進展
元基因組是當前微生物組大數據最主要的存在形式之一。由于元基因組數據的復雜性、異質性以及指數級增長的體量，從中深度且快速發掘微生物群落結構和功能上的變化規律，一直是業界的一個重要技術瓶頸。近日，中國科學院青島生物能源與過程研究所單細胞研究中心發表了元基因組高性能計算分析軟件Parallel-MET
華大參與：復雜宏基因組數據的新分析法
當前分析宏基因組數據的大多數方法，都依賴于與參考基因組的對比，但是許多環境中的微生物多樣性遠遠超過了參考數據庫所覆蓋的范圍。將復雜的宏基因組數據從頭劃分為特定的生物學實體（如特定的菌株或病毒），在很大程度上仍然是一個未解決的問題。 在2014年7月6日的《Nature Biotechnolog
青島能源所提出“微生物組影響指數”
微生物組是微生物在自然界的存在形式，與人體、空氣、土壤與海洋的健康息息相關。因此，微生物組科學與產業已經成為國際科技合作與競爭的“戰略高地”。然而，大數據挖掘工具的匱乏，阻礙著微生物組研究從“數據分析”向“數據科學”的跨越。2010年，來自43個國家的500多名研究人員聯合啟動了“地球微生物組計
“百萬微生態”計劃將構建全球最大人體微生物組數據庫
2019年10月26日，“百萬微生態”國際合作計劃（MMHP）在深圳第14屆國際基因組學大會（ICG-14）上正式啟動，來自中國、瑞典、丹麥、法國、拉托維亞等多國科學家將合作開展微生物宏基因組研究，致力于在未來三至五年內對100萬份來自腸道、口腔、皮膚、生殖道等器官的微生物組樣品進行測序分析，繪
蘇曉泉團隊開發出基于微生物組大數據的疾病檢測方法
微生物組具有服務疾病診治與生態監控的巨大潛力，但是其影響因素錯綜復雜。如何通過菌群檢測實現快速精準的疾病診斷呢？中國科學院青島生物能源與過程研究所單細胞中心發明了基于菌群大數據搜索的疾病檢測方法，為此共性問題提供了原創的解決方案。該工作于3月17日在線發表于mSystems（美國微生物學會會刊）
Nature：藥物對腸道微生物組的影響比人們想象的要大
我們是生活在地球上用藥最多的幾代人之一。2型糖尿病、肥胖和冠狀動脈疾病等心臟代謝性疾病的發病率持續上升，并共同構成了全世界最高的死亡原因。受影響的人往往不得不連續數月甚至數年每天服用多種藥物。 如今，在一項新的研究中，位于德國海德堡的歐洲分子生物學實驗室（EMBL）的Peer Bork團隊與一
融智生物發布全球首個商用化生物組學微生物質譜數據庫
近日，融智生物宣布建設完成基于全新生物組學理念的微生物質譜數據庫。這是全球首次發布商品化生物組學微生物質譜數據庫。 傳統上，基于不同的細菌或真菌內蛋白組成分特別是核糖體蛋白有顯著的差異，對核糖體蛋白組的質譜測試，可用于快速、高準確度鑒定微生物。基質輔助激光解吸電離飛行時間質譜（MALDI-TO
美國推出“材料計劃”網絡搜索引擎
據美國物理學家組織網近日報道，美國能源部勞倫斯伯克利國家實驗室和麻省理工學院聯合推出了一項名為“材料計劃”的最新網絡引擎，專門用于搜索查找各種材料的性質，能讓來自大學、國家實驗室和私人企業的科學家共享信息，以促進新材料和關鍵材料的研發。 “加速新材料的研發，能促進在清潔能源和公共消費產品領
DNA搜索引擎MetaGraph研發成功
瑞士蘇黎世聯邦理工學院科學家在最新一期《自然》雜志上發表論文稱，他們開發出一款名為MetaGraph的DNA搜索引擎，能快速、高效地檢索公共生物學數據庫中的海量信息，為研究生命科學提供了強大的專業工具。MetaGraph索引及大量DNA、RNA和蛋白質序列檔案。圖片來源：《自然》網站MetaGrap
李小兵教授：微生物組學是影響未來的三大科技之一
近日，由中國廣告主協會標準與認證咨詢專業委員會承辦，多家行業研究機構協辦的2019年中國廣告主大會“標準與認證服務發展論壇”在杭州舉行。國家工程實驗室教授、黔酸寶生物實驗室主任李小兵 國家工程實驗室教授、黔酸寶生物實驗室主任李小兵出席論壇，并發表“標準與認證是中國大健康產業發展的基石”主題演講
世界微生物數據中心落戶微生物所
在近日召開的第12屆國際菌種保藏大會上，經過大會專家委員會評審并經世界菌種保藏聯合會理事會審議通過，中國科學院微生物研究所在眾多的競爭者中脫穎而出，成為世界微生物數據中心（World Data Center for Microorganisms, WDCM）新的主持單位。 W
研究開發基于菌群大數據搜索的新疾病檢測方法
基于菌群大數據搜索引擎實現疾病檢測的原理 微生物組具有服務疾病診治與生態監控的巨大潛力，但是其影響因素錯綜復雜。如何通過菌群檢測實現快速精準的疾病診斷呢？中科院青島生物能源與過程研究所單細胞中心發明了基于菌群大數據搜索的疾病檢測方法，為此共性問題提供了原創解決方案。該研究成果近日在線發表于《美國微
碳衛星獲取首組觀測數據
記者2月23日從中科院獲悉：中國首顆全球二氧化碳監測科學實驗衛星（簡稱“碳衛星”）已成功獲取首批觀測數據。 碳衛星于2016年12月22日在酒泉衛星發射中心成功發射入軌。經過平臺測試、載荷加熱排污等一系列工作后，有效載荷于今年1月12日成功開機，13日轉入在軌觀測任務模式并獲取首批觀測數據。
研究構建綿羊和山羊腸道高質量微生物基因組數據庫
近日，西北農林科技大學羊遺傳改良與生物育種團隊攜手國內外多家科研機構，在綿羊和山羊腸道微生物基因組數據庫構建及腸道粘蛋白和多糖代謝功能菌種挖掘方面取得進展，研究成果發表在Microbiome上。研究團隊在全國范圍內的32個羊場收集了來自21個綿羊和山羊品種共計320個腸道樣本，分別構建了包含1.6億
百度退位！百度已不是中國第一大桌面搜索引擎
長久以來，百度不只是一個名詞，它早已成為人們搜索內容時使用的動詞，可見其影響力之大。不過，根據5月22日StatCounter的數據顯示，百度已不是中國最大的桌面搜索引擎了。根據數據，到2023年4月，微軟必應的份額再次創出歷史新高，達到了37.4%，而百度的份額為26.32%。微軟必應、搜狗、Ya
缺乏數據使用指導原則，基因組數據共享遇阻
基因組數據共享將生物醫學研究推向快車道，但向公共領域發布的現有數據指南一方面承認免費和無條件使用數據的重要性，另一方面還未能解決這種重要性與數據生產者首次發布數據的“權利”之間的關系。 在美國能源部聯合基因組研究所負責人Nikos Kyrpides看來，這種自相矛盾導致了數據生產者和數據使用
振動篩與網絡搜索引擎優化
近期在振動篩行業有許多號稱專業優化網絡公司的出現，直接影響和考驗著搜索引擎的公平與合理性，不管你的振動篩站點是否，不管你的振動篩企業內容是否健全，不管你是否能提供給振動篩客戶zui佳的產品，也不管你的企業是否有一定實力，只要你愿意出資金，便有大量的網絡優化公司為你提供振動篩的排名服務。優化是網絡行業
綜合搜索引擎網站市場群雄逐鹿
根據中國互聯網數據中心統計表明，中國綜合搜索引擎格局正在發生深刻變化：搜索引擎市場第一陣營與第二陣營之間差距正在縮小，第二陣營兩大競爭對手谷歌和搜搜不相伯仲。雖然谷歌仍以微弱優勢領先，但騰訊搜搜以其較強大的用戶群為基礎，結合各種有效的網絡推廣方式，正在有力擴張用戶市場份額。?今年第一季度，百度以較為
人工智能大舉“入侵”科學搜索引擎
當前，互聯網搜索引擎中出現了越來越多的人工智能（AI）聊天機器人，如谷歌的Bard、微軟的Bing等。這似乎將要改變科學搜索引擎。 據《自然》報道，8月1日，荷蘭出版業巨頭愛思唯爾向其Scopus數據庫的部分用戶發布了一個基于ChatGPT的AI界面。當天，英國數字科學公司（Digital S
Cell：微生物組的確影響免疫
麻省總醫院MGH、Broad研究所與荷蘭的兩家醫學研究中心在Cell雜志上發表了人類功能基因組計劃（HFGP）的重要研究成果。他們通過三項研究揭示了基因、微生物組和環境對免疫應答的影響。人類消化道中居住著大量的微生物，它們被統稱為腸道微生物組。腸道微生物組在人類代謝食物、抵御感染和應答藥物等過程中起
Cell：微生物組的確影響免疫
麻省總醫院MGH、Broad研究所與荷蘭的兩家醫學研究中心在Cell雜志上發表了人類功能基因組計劃（HFGP）的重要研究成果。他們通過三項研究揭示了基因、微生物組和環境對免疫應答的影響。 人類消化道中居住著大量的微生物，它們被統稱為腸道微生物組。腸道微生物組在人類代謝食物、抵御感染和應答藥物等
Nature：揭秘地球微生物組計劃
地球微生物組計劃（Earth Microbiome Project）的目標是盡可能多地對地球微生物群落進行取樣，以便促進人們對微生物及其與包括植物、動物和人類在內的環境之間的關系的理解。這一任務需要來自世界各地的科學家的幫助。到目前為止，這一計劃已覆蓋了從北極到南極的七大洲和43個國家，而且有超