中科院昆明動物所等發布新款基因測序軟件
中科院昆明動物研究所研究員馬占山與美國馬里蘭大學葉承曦博士在基因測序領域的合作再次取得重要突破。合作團隊近日正式發布了一款代號為 Sparc 的軟件。 針對第三代基因測序儀硬件錯誤率高達15%~40%的問題，該團隊研發出了一套“線性復雜度”（復雜性最低）的算法，Sparc軟件即基于該新算法完成。綜合測試顯示：采用測序深度僅為30x的三代基因測序數據，Sparc取得組裝共識（Consensus）時錯誤率低于0.5%；同時與目前最優秀的同類軟件相比，Sparc可節省計算時間和內存達80%。這一重要突破為推進基因測序技術邁向三代技術的產業升級提供了又一關鍵軟件技術。 Sparc 研發獲得了中科院、遺傳資源與進化國家重點實驗室、國家自然科學基金以及云南省高端科技人才、海外高層次人才、云嶺產業領軍人才以及創新團隊等項目的支持。由于該研究屬于計算機科學、數學和生物學的交叉領域，因此創新團隊成員間的跨界合作自然起到了關鍵作用。......閱讀全文
昆明動物研究所通過實驗動物飼料生產認證
11月29日，昆明市科學技術局為昆明動物研究所頒發實驗動物飼料生產許可證，許可生產的七種飼料包括：實驗猴繁殖、維持飼料，樹鼩繁殖、維持飼料，大小鼠繁殖、維持飼料，實驗兔維持飼料。 根據實驗動物飼料生產許可證的認證程序，首先七種飼料要通過實驗動物飼料檢測部門的抽樣檢測，且各項營
中科院昆明動物所等發布新款基因測序軟件
中科院昆明動物研究所研究員馬占山與美國馬里蘭大學葉承曦博士在基因測序領域的合作再次取得重要突破。合作團隊近日正式發布了一款代號為 Sparc 的軟件。 針對第三代基因測序儀硬件錯誤率高達15%~40%的問題，該團隊研發出了一套“線性復雜度”（復雜性最低）的算法，Sparc軟件即基于該新算法完成
昆明動物所在三代基因測序領域取得進展
近日，中國科學院昆明動物研究所研究員張亞平和馬占山領導的團隊發布了以“10x Genomics測序”輔助“三代測序”的混合組裝策略和軟件技術。研究人員采用美國加州大學Jain等人2018年發表在Nature Biotechnology上（doi: 10.1038/nbt.4060.）的人類基因組
昆明動物所轉基因動物研究取得新成果
由中國科學院昆明動物研究所季維智研究員領導的研究小組關于非人靈長類轉基因動物的研究論文Transgenic rhesus monkeys produced by gene transfer into early-cleavage–stage embryos using a simi
中科院昆明動物研究所在廣西發現魚類新種
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2022/6/481619.shtm 記者從中科院昆明動物研究所獲悉，近日，科研人員在廣西河池市鳳山縣采集到一個魚類新物種，取名為才勞桂墨頭魚，屬新建的“桂墨頭魚屬”。 據了解，這項研究由中國科學院昆明動物研究所
昆明動物所在家養動物基因交流研究中取得進展
家養動物被人類成功馴化后，伴隨著人類遷徙至世界各地。在這個過程中，家養動物會與當地各種野生近緣種相遇，從而發生雜交促使基因交流的發生。中國科學院昆明動物研究所研究員張亞平、吳東東課題組近期利用大規模基因組數據，闡明了基因交流在牛屬動物的馴化以及環境適應中的重要作用，相關工作發表在Nature E
昆明動物研究所發現胡蜂牛虻過敏綜合癥直接證據
昆蟲刺蟄引起的過敏反應是醫學上的一個重要的病癥，除了導致紅腫、瘙癢等癥狀外，全身性過敏反應的發生甚至可能導致病人死亡。刺蟄的昆蟲主要是昆蟲綱膜翅目的成員，包括胡蜂、黃蜂等。但也有部分昆蟲包括牛虻、斑虻、獵蝽等，會導致過敏性反應。長期以來，世界多個實驗室都對牛虻和胡蜂導致的過敏反應進
昆明動物研究所關于東亞人群源流研究取得新進展
隨著大量線粒體DNA（mtDNA）全基因組信息的積累，科學家對東亞人群的母系遺傳結構已經有較為清晰的認識。然而，研究中仍發現有一些mtDNA類型無法識別。雖然這些未定類型的分布頻率很低，但其系統發育地位究竟如何迄今仍不得而知。與此同時，由于東亞具有豐富且較為連續的古人類（the a
中科院昆明動物研究所生物產業化中心成立
為了促進科技成果的轉移轉化工作，使科技成果更好的服務于國家及地方經濟，中國科學院昆明動物研究所生物產業化中心5月1日在昆明成立，并與首批合作的三家企業簽訂合作協議。 據產業化中心主任博士介紹，未來十年，該所將加大科技成果的產業化力度，充分發揮學科優勢，把生物醫藥、藥效評價、
昆明動物研究所發論文：在喜馬拉雅地區發現2個哺乳動物新種
中國科學院昆明動物研究所蔣學龍課題組與安徽師范大學等單位合作，在長尾鼩鼱屬分類和系統演化研究中取得新進展。這一研究在喜馬拉雅地區發現2個哺乳動物新種以及一個待描記新種。 圖為雪山大爪鼩鼱生態照。中國科學院昆明動物研究所供圖 長尾鼩鼱屬隸屬于哺乳綱鼩形目鼩鼱科，主要分布于喜馬拉雅山脈及其相鄰的高黎
昆明動物所等破譯山羊和綿羊基因組
在“973”項目的支持下，中國科學院昆明動物研究所研究員王文領導的團隊繼2013年解析山羊基因組揭示羊絨生長的基因基礎之后，近日再次攜手華大基因研究院、澳大利亞聯邦科學與工業研究組織等國內外機構“破譯”了綿羊基因組。至此，所有重要家畜動物的基因組密碼全部告破。 山羊和綿羊是反芻動物的典型代表動
昆明動物所在人類骨骼基因進化研究上取得進展
現代人類的表型多樣性很大部分是由骨骼系統塑造而成的，例如不同人群在體型、骨密度、臉型等等方面都表現出巨大差異。實際上，伴隨著農業的出現，人類骨骼系統發生快速進化。BMP3 (Bone morphogenetic protein 3)是其它骨形成蛋白的拮抗劑，在骨骼系統發育中起重要作
德國馬普進化人類學研究所李明錕博士訪問昆明動物所
6月20日，“中國科學院第二屆人才發展主題活動日”在北京拉開序幕。作為系列活動之一的“海外人才走進科學院活動周”當天同時啟動。該活動旨在通過邀請海外優秀青年科技人才集中訪問中科院有關研究所并進行學術交流，與海外人才建立起交流密切的聯絡機制，向海外人才宣傳國家和中科院人才政策與舉措，搭建
昆明動物所等家養動物線粒體DNA基因組學研究取得進展
近年來，家養動物線粒體DNA（mtDNA）基因組學得到了迅速發展，積累了大量的mtDNA序列數據。與此同時，一些問題隨之浮現出來。除了數據質量存在缺陷（Shi, et al. 2014. Mol Ecol）之外，mtDNA世系劃分標準不一，世系命名混亂的問題也已開始干擾家養動物mtDNA的研究工
昆明動物所重構螞蟻等級分化祖先基因調控網絡
近日，中國科學院昆明動物研究所生物多樣性基因組學團隊在調控螞蟻等級分化演化機制研究中取得進展，研究人員通過對三個亞科五個螞蟻物種的大腦轉錄組演化分析，揭示了螞蟻這類超個體組織物種（superorganism）存在的生殖等級分化的核心基因調控網絡。研究成果以Towards reconstructi
昆明動物所人類從頭起源新基因研究取得重要進展
基因的起源在生物界是一個普遍而又不斷延續的過程，是生物由簡單到復雜演化的基礎。新基因產生的機制主要有基因重復、外顯子重排、逆轉錄、基因水平轉移、可移動元件、基因斷裂融合和從頭起源等。其中，從頭起源的基因（指基因起源于沒有功能的非編碼區域DNA）研究甚少，主要是因為人們一直認為此機
昆明動物所在家犬行為相關基因研究中取得進展
馬里努阿犬是一種高興奮型工作犬，在局促環境中常表現出轉圈行為。其中表現一定轉圈行為的個體較無轉圈行為個體具有更高的興奮性和工作欲望，較極度轉圈個體具有更好的行為控制力。值得注意的極度轉圈行為已經被定義為強迫癥，且之前的研究已經發現了一些與之相關的一些基因，神經鈣粘蛋白基因（Cadherin 2：
昆明動物所等在瘋牛病調控基因研究中取得進展
朊病毒疾病是一類致死性神經退行性疾病，已在包括人在內的十多種動物中發現，例如牛的瘋牛病、羊的搔癢癥、人的克雅氏癥等。其中，瘋牛病因具有高度傳染性和致死性，且可通過食物鏈傳染給人類而受到高度關注。25年來對朊病毒疾病的研究表明，朊病毒基因是致病的基質，但是僅此一個基因還是無法徹底澄清朊病毒疾病的致
昆明動物所家犬嗅覺受體基因研究取得新進展
家犬作為人類最親密的朋友，在人類歷史上一直扮演者重要的作用。更重要的是，家犬是人類最早馴化的家養動物，由于其經過了馴化和品種培育兩個重要的群體歷史階段，并且在家養哺乳動物中形成了最具多樣性的品種，因此家犬一直是研究人工選擇和自然選擇的重要模式生物。中國最為家犬的馴化地，不僅遺傳多樣
昆明動物所舉辦GLP培訓
4月13日上午，中科院昆明動物研究所舉辦GLP培訓會，研究所生物產業化中心及實驗動物中心相關工作人員參加了培訓。 生物產業化中心副主任楊啟成博士就GLP的理念、管理準則及目標等進行了深入淺出的講解。對在GLP運行中可能出現的問題、數據可追溯的重要性作了詳細解釋。同時，生物產業
動物保護新動作，300多種反芻動物基因組將測序
據最新一期《自然·遺傳學》雜志報道，由多個機構組成的國際“端粒對端粒（T2T）”聯盟正在推進“反芻動物端粒-端粒”項目，旨在對300多種反芻動物的基因組進行測序。研究團隊期望通過測序得到的基因組圖譜，推動農業的發展并促進動物保護工作的深入開展。 該項目建立在T2T聯盟最新發布的一系列重要成果的
300多種反芻動物基因組將測序
據最新一期《自然·遺傳學》雜志報道，由多個機構組成的國際“端粒對端粒（T2T）”聯盟正在推進“反芻動物端粒-端粒”項目，旨在對300多種反芻動物的基因組進行測序。研究團隊期望通過測序得到的基因組圖譜，推動農業的發展并促進動物保護工作的深入開展。該項目建立在T2T聯盟最新發布的一系列重要成果的基礎之上
動物全物種基因組測序仍有很大空白
近日，美國華盛頓州立大學領導的一項研究發現，目前對動物基因組進行的測序多數集中在與人類相似的動物上，研究人員警告稱，該現狀可能會忽視大量的生物多樣性和機會。相關研究結果發表于美國《國家科學院院刊》。 研究人員分析發現，近3300種動物的基因組已被測序。雖然動物物種測序工作一直在進行，但與世界
全部脊椎動物基因組測序再上路
為了獲得更多的關注和支持，研究人員迫切希望對所有脊椎動物的基因組進行測序。近日，科學家正式啟動了脊椎動物基因組計劃（VGP），發布了14個物種的15個高質量基因組。但該計劃仍遠未籌集到所需資金，以記錄地球上約6.6萬種脊椎動物的基因組。 這個項目已經進行了3年，其前身是2009年啟動的基因組1
300多種反芻動物基因組將測序
科技日報北京8月8日電（記者劉霞）據最新一期《自然·遺傳學》雜志報道，由多個機構組成的國際“端粒對端粒（T2T）”聯盟正在推進“反芻動物端粒-端粒”項目，旨在對300多種反芻動物的基因組進行測序。研究團隊期望通過測序得到的基因組圖譜，推動農業的發展并促進動物保護工作的深入開展。該項目建立在T2T聯盟
300多種反芻動物基因組將測序
據最新一期《自然·遺傳學》雜志報道，由多個機構組成的國際“端粒對端粒（T2T）”聯盟正在推進“反芻動物端粒-端粒”項目，旨在對300多種反芻動物的基因組進行測序。研究團隊期望通過測序得到的基因組圖譜，推動農業的發展并促進動物保護工作的深入開展。該項目建立在T2T聯盟最新發布的一系列重要成果的基礎之上
昆明動物所蝙蝠視覺基因通路進化研究獲新進展
蝙蝠是夜行性動物。食蟲蝙蝠主要用回聲定位來確定方位、捕捉昆蟲，其眼睛退化;舊大陸果蝠沒有回聲定位能力，它們主要依賴視覺和嗅覺來尋找食物，其眼睛很發達。 在之前的研究里，中國科學院昆明動物研究所沈永義副研究員在張亞平院士的指導下，克隆了視網膜上視桿細胞視紫紅質的RHO基因 (Rhodop
昆明動物所新基因的功能起源和進化研究取得進展
基因復制是新基因和新功能產生的最主要的方式之一。然而，在分子水平，新產生的復制基因如何通過通路整合而獲得生物學功能以及產生適應性性狀卻并不清楚。 為了回答以上問題，中科院昆明動物研究所中德馬普進化基因組學青年科學家小組的博士生丁昀等在導師王文研究員的指導下，對黑腹果蠅亞群(Drosophi
昆明動物所發布碧鳳蝶染色體水平基因組
蝴蝶因其豐富的形態多樣性，自達爾文時代就作為研究物種適應性進化的重要類群之一，近幾年更被認為是研究形態遺傳、進化和發育的理想模型，已成為發育生物學、進化生物學、種群遺傳學、保護生物學和生態學等研究領域的重要模式生物之一。鳳蝶科是具有重要進化地位的蝴蝶支系，其豐富的色彩和形態等多樣性是昆蟲生態與進
昆明動物所等在蝴蝶基因組研究中取得進展
蝴蝶因其在自然界中多姿多彩的變異，自達爾文時期以來就是進化研究的好材料。然而，長期以來其高雜合的基因組難以解析，對其也缺乏有效的遺傳操作技術體系，極大地限制了蝴蝶在進化學研究的深入廣泛應用。 為了使蝴蝶成為研究宏觀形態進化遺傳基礎的新模式生物，中國科學院昆明動物研究所的基因起源課題組與深圳華大