丙型肝炎病毒（HCV）引起丙型肝炎，因臨床癥狀不明顯，易造成漏診或誤診，延誤治療；因此，臨床醫生將HCV實驗室檢測結果作為主要的診斷依據，以便及時采取相應措施，有利于疾病診斷、治療和阻斷HCV傳播；血站通過HCV檢測篩查獻血員可以有效阻斷血液傳播這一途徑，保障血液及血液制品安全；HCV檢測也為公共衛生人員進行人群監測，掌握人群HCV感染情況提供依據。各國HCV感染情況有差別，且HCV檢測的目的不同，因此，制定的HCV檢測策略既需能達到預期目標，又需符合成本效益原則。
HCV檢測一般分為篩查檢測和補充檢測。篩查檢測主要為酶聯免疫吸附法（ELISA）。ELISA可重復性強，成本低，且第三代ELISA試劑盒敏感性和特異性比第二代試劑有較大提高，美國食品與藥物管理局（FDA）和我國國家藥品監督管理局已批準抗-HCV ELISA試劑盒用于HCV檢測。由于ELISA的優點，世界衛生組織認為ELISA適合用于大量樣本檢測，發達國家已將其用于獻血者篩查。但由于一般人群的HCV感染率低，且仍存在假陽性的問題。美國疾病預防與控制中心報告指出：HCV感染率<10%的人群（如自愿獻血者，衛生服務工作者等），抗-HCV ELISA檢測假陽性率約35%；免疫系統抑制人群，其檢測假陽性率約15%。抗-HCV ELISA假陽性主要原因包括：血液中存在高濃度非特異性IgG或類風濕因子吸附于固相載體或包被的抗原；受檢樣本中超氧化物歧化酶的干擾；用于制備試劑的HCV抗原不純。因此，美國疾病預防與控制中心的報告指出不能依靠單一的抗-HCV篩查陽性結果作出診斷，應采用補充試驗作為報告依據，而有的國家建議只在高危人群中采用ELISA進行篩查。世界衛生組織報告指出，適合個體篩查的簡易/快速檢測因所需設備簡易，檢測速度快，多用于設備配置簡陋或日檢測樣本量少的實驗室。除了ELISA，化學發光免疫檢測等檢測方法也用于抗體篩查。
針對免疫系統正常、HCV感染率低于10%的一般人群中，抗體篩查假陽性率較高的情況，需要對陽性樣本進行補充檢測。補充檢測包括重組免疫印跡試驗（recombinant immunoblot assay，RIBA）和HCV-RNA檢測。RIBA檢測特異性較ELISA高，但敏感性稍遜；且RIBA在操作上較ELISA復雜、耗時、成本高，不利于其在臨床上的應用。美國HCV檢測實驗室指南建議臨床方面可以根據篩查試驗的S/CO比值（signal-to-cut-off），確定是否需要做補充檢測的替代方案。英國和澳大利亞的檢測策略則沒有將RIBA作為補充檢測，只是作為推薦試驗。
HCV-RNA檢測分為定性檢測和定量檢測。目前定性檢測采用聚合酶鏈反應（PCR）和轉錄介導的擴增兩種方法，轉錄介導的擴增檢測限可低至10IU/ml。但由于HCV存在血清轉換期，有時存在HCV-RNA陰性，抗體陽性的情況，因此單獨HCV-RNA檢測結果為陰性不能判斷HCV感染情況。PCR檢測所需標本保存條件要求較高，操作不當會影響結果，且在方法和設備上要求較高，因此，難以在常規工作或基層實驗室推廣，限制了普遍應用。HCV定量檢測主要為三種方法：定量逆轉錄聚合酶鏈反應（RT-PCR），分支DNA檢測（branched DNA，bDNA）和實時PCR。定量RT-PCR檢測包括MONITOR2.0和SuperQuant，這兩種試劑結果具有可比性。bDNA技術采用信號擴增，檢測限為615IU/ml，特異性達到96.0%～98.8%，具有較高的重復性，但敏感性不高。實時PCR則具有高敏感性，檢測限可低至10IU/ml，該方法在一定范圍內具有良好的線性關系，但該方法目前只作為實驗室研究方法使用。現階段HCV定量核酸檢測結果所用單位不統一，造成結果不具有可比性，為臨床實際工作帶來一定問題。定量檢測有助于臨床醫生對HCV感染者管理和治療評估。有研究結果表明，基因1型HCV感染者經12周抗病毒治療后，若病毒載量不能減少到治療前載量的1%，即使再經1年治療，達到理想治療效果的幾率也低于5%。盡管單一抗-HCV檢測方法還存在各種問題，但如果制定合理的檢測策略，能避免單一方法引起的假陰性和假陽性，能較好控制人群新發HCV感染，監測已感染HCV人群。檢測策略主要用于血液篩查、臨床診斷和人群監測三個方面。