1、模板的取材主要依據PCR的壙增對象，可以是病原體標本如病毒、也可以是病理生理標本如細胞等。
2、標本處理的基本要求是除去雜質，并部分純化標本中的核酸。多數樣品霓要經過SDS和蛋白 酶K處理。難以破碎的細菌，可用溶菌酶加EDTA處理。
3、引物最好在模板cDNA的保守區內設計，引物長度一般在15~30堿基之間，引物長度常用的是18~27 bp，但不應大于38，因為過長會導致其延伸溫度大于74℃，不適于Taq DNA 聚合酶進行反應
4、引物GC含量在40%~60%之間，Tm值最好接近72℃，GC含量過高或過低都不利于引發反應。上下游引物的Tm值是寡核苷酸的解鏈溫度，即在一定鹽濃度條件下，50%寡核苷酸雙鏈解鏈的溫度
5、引物3’端要避開密碼子的第3位，引物3′端不要終止于密碼子的第3位，引物3′端不能選擇A，最好選擇T，引物3′端錯配時，不同堿基引發效率存在著很大的差異。