mRNA的轉運
真核生物和原核生物之間的另一個區別是mRNA的轉運。由于真核轉錄和翻譯是在不同的細胞器內進行的，真核mRNA必須從細胞核輸出到細胞質。 這一過程可能受不同信號通路的調節。成熟的mRNA通過其加工的修飾被識別，在結合帽結合蛋白CBP20和CBP80及轉錄/輸出復合物（TREX）后通過核孔被輸出到細胞質。
mRNA的翻譯
因為原核mRNA不需要加工或轉運，所以原核生物mRNA在核糖體的翻譯可以在轉錄結束后立即開始。因此，可以說原核生物的mRNA翻譯與轉錄偶聯發生。
已經加工并轉運至細胞質的真核mRNA（即成熟mRNA）在核糖體的翻譯發生在細胞質中自由漂浮的核糖體中，或者通過信號識別顆粒導向到的內質網中。因此，與原核生物不同，真核生物的mRNA翻譯不直接與轉錄偶聯。在某些情況下甚至可能發生這樣的情況，即mRNA水平的降低卻伴隨著蛋白質水平的增加。