自動細胞計數
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導入圖像
打開想要處理的圖像，這里我們以一張DAPI免疫熒光染色的照片為例進行說明。如下圖。
點擊File>Open>打開準備好的圖像，也可將圖片直接拖動到菜單欄，即可打開。如下圖。
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將圖像轉為8-bit
首先需要將圖片轉為黑白灰的圖像，方便后續識別細胞。
點擊Image>Type>8-bit，此時圖片即已被去色。
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調整閾值，去除背景，選中細胞
①點擊Image>Adjust>Threshold對閾值進行調整，主要是為了選擇細胞區域；
②因為利刃君這里選擇的是B&W（Black and White），所以圖像中黑色的區域就是已經選中的區域，這里可以進行更改，如若改為red，則紅色區域為選中的區域；
③另外我們發現Threshold窗口中有兩個調節框，我們可以通過左右拖動調節框中的滑塊對選擇的區域進行調整。原則是盡可能的包含所有的細胞同時去除背景中的雜質。
④拖動完成后點擊Apply，這樣閾值就設置好了。
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填補細胞核的空隙
在調節閾值減少背景的同時，可能細胞的一些不均勻部分也被減弱了，這時就需要進行空隙填補，使得細胞變成實心球形來使自動細胞計數的結果更加可靠。
點擊Process>Binary>Fill Holes即可，如果沒有出現細胞有空隙的情況，則這一步就不需要進行。
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打斷細胞核的重疊部分
細胞密度比較大時，通常會有細胞重疊或者貼近的情況。就會導致軟件識別時將兩個粘連在一起的細胞識別為一個，這時我們就需要利用Watershed自動識別重疊部分，隨后再將兩個細胞分離開來。
點擊Process>Binary>Watershed，此時可以看到粘連在一起的細胞已經被分開。
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自動分析、計數顆粒
點擊Analyze>Analyze Particles，出現Analyze Particles界面，根據處理圖像的不同，設置不同的參數。
Size：0.05-Infinity——指分析顆粒尺寸大于0.05（一定注意這里的單位是inch），一直到無窮大的顆粒。（根據細胞大小，以及結果好壞來更改）一般可以通過選框工具選擇最小的細胞，點擊Analyze>Measure來看一下其大小，如我們這里顯示Area為104，我們就可以設置Size大小為90-Infinity。
Circularity：0.00-1.00——指圓度，可以根據細胞形狀，調整需要的圓度，1.00為標準圓，一般情況下只根據Size進行限制就可以了。
Show：Overlay——指原本圖片上會展示出分析結果的外框。
Exclude on edges——處于邊緣的顆粒不計入。
設置完成后，點擊OK，即出現以下結果，Results窗口中顯示了統計出的細胞的數目，并且顯示了每個細胞的面積，一共為162個細胞。