454高通量測序——研究土壤微生物的新手段
在陸地生態系統中，在土壤中生活有數量龐大的微生物種群，包括原核微生物如細菌、藍細菌、放線菌及超顯微結構微生物, 以及真核生物如真菌、藻類( 藍藻除外) 、地衣等。它們與植物和動物有著明確的分工，主要扮演“分解者”的角色，幾乎參與土壤中一切生物和生物化學反應，擔負著地球C、N、P、S 等物質循環的“調節器”[1]、土壤養分植物有效性的“轉化器”和污染環境的“凈化器”等多方面生態功能[2]。土壤微生物是氣候和土壤環境條件變化的敏感指標，土壤微生物群落結構和多樣性及其變化在一定程度上反映了土壤的質量。土壤微生物多樣性一般包括微生物分類群的多樣性、遺傳(基因) 多樣性、生態特征多樣性和功能多樣性[3]。由于土壤微生物的復雜性、土壤本身的多變性和研究方法不完善等原因的限制, 以往人們對土壤微生物多樣性的研究與動、植物相比遠遠落后。隨著多聚酶鏈反應(PCR)、核酸測序等現代生物學分子生物學技術的迅速發展, 人們對土壤微生物多樣性有了更多......閱讀全文
高通量測序技術在腸道菌群多樣性研究中的應用（一）
在人體腸道中生活著數以萬億的共生菌群，它們的種類繁多，可達上千種，數量也很驚人，是人體細胞總量的10倍以上，迄今為止，仍有80%以上的微生物不為人知。這些腸道微生物和人體存在著互利共生的關系，對于維持人類的健康發揮著重要的作用。它們在腸道中保持著一種動態的平衡，能夠合成維生素、幫助人體從食物中吸收營
高通量測序技術研究進展介紹
第二代測序技術， 又稱新一代測序技術， 是相應于以Sanger 測序法為代表的第一代測序技術而得名。第二代測序中3種主流測序技術分別為依次出現的 Roche/454 焦磷酸測序(2005 年)、Illumina/Solexa 聚合酶合成測序(2006 年)和 ABI/SOLiD 連接酶測序(
高通量測序原理
高通量測序原理是將基因組 DNA 片斷化，然后克隆到質粒載體上，再轉化大腸桿菌。對于每個測序反應，挑出單克隆，并純化質粒 DNA。高通量是相對于第一代測序的，第一代測序只能一次測1個樣品的1段序列，產生的數據量相對來說很小，而高通量測序一次能夠產生的數據量在幾十G上百G，可以一次測很多的樣本。高通量
高通量測序技術
沒有測序的癌癥診斷是不完整的，完整的癌癥診斷應該包括一系列基于細胞遺傳學技術、熒光原位雜交技術、標準分子技術以及NGS的預后與預測性分析。對于早期癌癥患者來說，NGS序列分析在多種癌癥的篩查技術中具有不容忽視的代表性;而對于晚期癌癥患者，大量的侵入性測試往往只能篩查出少數幾個藥物靶點。 隨
高通量測序原理
高通量測序原理是將基因組 DNA 片斷化，然后克隆到質粒載體上，再轉化大腸桿菌。對于每個測序反應，挑出單克隆，并純化質粒 DNA。高通量是相對于第一代測序的，第一代測序只能一次測1個樣品的1段序列，產生的數據量相對來說很小，而高通量測序一次能夠產生的數據量在幾十G上百G，可以一次測很多的樣本。高通量
高通量測序原理
高通量測序原理是將基因組 DNA 片斷化，然后克隆到質粒載體上，再轉化大腸桿菌。對于每個測序反應，挑出單克隆，并純化質粒 DNA。高通量是相對于第一代測序的，第一代測序只能一次測1個樣品的1段序列，產生的數據量相對來說很小，而高通量測序一次能夠產生的數據量在幾十G上百G，可以一次測很多的樣本。高通量
454用于人類微生物菌落項目
最近在Nature1及其他刊物中發表了多篇與人類微生物菌落項目(Human Microbiome Project)有關的文獻，該項目已歷時5年旨在發現人體不同部位的微生物菌落特征。而最近的這些文獻的發表只是該項目大量數據的初步分析結果，隨之而來的將是從更多分析方法角度帶來的新的思路
454測序識別早期HIV耐藥性突變
回顧性研究分析表明即使最低水平的耐藥性突變也會導致早期治療失敗?2月17日《傳染病雜志》（Journal of Infectious Disease）在線公布的一項研究稱HIV病毒群體中少至1％的HIV耐藥性突變會對臨床結果產生顯著影響。這篇論文由羅氏旗下454生命科學公司與耶魯大學醫學院研究人
南京土壤所土壤真核微生物海拔分布研究取得進展
大型真核生物(如宏觀動植物)的多樣性一般隨海拔升高而降低，而土壤原核微生物(如細菌)卻并不一定呈現出明顯的海拔分布模式。因此，細胞結構與生物尺寸大小的差異可能對生物多樣性隨海拔的分布模式產生重要的影響。 中國科學院南京土壤研究所褚海燕研究員課題組通過454高通量測序技術深入研究了長白山土壤真核
東北黑土農田酸桿菌生物地理分布研究獲進展
土壤中酸桿菌門細菌數量與變形菌門細菌相當，一般占細菌總量的20%-50%左右，在土壤生態過程中起重要作用。酸桿菌細菌一般具有嗜酸、寡營養和難培養的特點。國際上多篇基于高通量測序論文的研究結果發現，森林和草原土壤中酸桿菌的相對豐度與土壤pH成顯著負相關關系，然而前期針對我國東北黑土農田的研究發現這
高通量測序的實驗過程
1.樣本準備（sample fragmentation）2.文庫構建(library preparation)3.測序反應(sequencing reaction)4.數據分析(data analysis)
高通量測序技術的應用
測序技術推進科學研究的發展。隨著第二代測序技術的迅猛發展，科學界也開始越來越多地應用第二代測序技術來解決生物學問題。比如在基因組水平上對還沒有參考序列的物種進行重頭測序(de novosequencing)，獲得該物種的參考序列，為后續研究和分子育種奠定基礎；對有參考序列的物種，進行全基因組重測
高通量測序的實驗過程
1.樣本準備（sample fragmentation）2.文庫構建(library preparation)3.測序反應(sequencing reaction)4.數據分析(data analysis)
高通量測序的相關介紹
高通量測序技術（High-throughput sequencing）又稱“下一代”測序技術（"Next-generation" sequencing technology），以能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定和一般讀長較短等為標志。 名詞解釋 根據發展歷史、影響力、測序原
高通量測序分的原理
對DNA分子進行序列測定。1.對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定和一般讀長較短等為標志。2.根據發展歷史、影響力、測序原理和技術不同等，主要有以下幾種：大規模平行簽名測序（Massively Parallel Signature Sequencing, MPSS)、聚合酶克隆（Polony S
新一代超高通量基因組測序系統－GS－FLX開創科研無限新...
新一代超高通量基因組測序系統 GS FLX開創科研無限新可能GS FLX系統是由羅氏454生命科學公司推出的目前應用最廣的超高通量基因組測序系統，研究人員利用高準確性、長讀長的GS FLX系統快速的獲得高質量的生物數據，取得科研突破性進展。自GS系統問世以來，于世界頂級雜志共發表250余篇高質量
焦磷酸測序原理
焦磷酸測序技術(pyrosequencing)是一種新型的酶聯級聯測序技術，焦磷酸測序法適于對已知的短序列的測序分析，其可重復性和精確性能與SangerDNA測序法相媲美，而速度卻大大的提高。焦磷酸測序技術產品具備同時對大量樣品進行測序分析的能力，為大通量、低成本、適時、快速、直觀地進行單核苷酸
高通量測序技術包括
高通量測序技術及原理介紹如下：高通量測序技術（High-throughput sequencing）又稱“下一代”測序技術（“Next-generation” sequencing technology），以能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定和一般讀長較短等為標志。測序技術推進科學研
Solexa高通量測序方法
高通量測序發展的背景基因決定了一個人的相貌、身高甚至疾病，它存在于每個人體細胞的ＤＮＡ中。而組成ＤＮＡ的基本物質則是由Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃ表示的４種堿基，一個人的基因組測序就是排列出其ＤＮＡ上所有堿基的順序。如果每個人都能擁有一份屬于自己的基因組圖譜，那么科學家們長期以來期待的“個性化醫療時代”就會可能成
什么是高通量測序
高通量測序技術（High-throughput sequencing）又稱“下一代”測序技術（"Next-generation" sequencing technology），以能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定和一般讀長較短等為標志。根據發展歷史、影響力、測序原理和技術不同等，主要
454測序協助發現皰疹樣病毒與熱帶珊瑚礁的大面積減少...
454測序協助發現皰疹樣病毒與熱帶珊瑚礁的大面積減少有關為了確定病毒病原體對珊瑚健康衰退的影響，圣地亞哥州立大學的研究人員最近在Forest Rohwer博士的領導下，用454生命科學的Genome Sequencer系統對各種環境壓力下的Porites compressa珊瑚樣本進行了宏基
高通量測序發展史
人類基因組計劃(human genome project, HGP) 在介紹高通量測序發展之前，需要先為大家介紹一個人類發展史上的一項重要創舉——人類基因組計劃(human genome project, HGP)。HGP的完成對測序技術的推動作用意義重大。 HGP是由美國科學家于1985年率先
近地層臭氧濃度升高對稻田產甲烷古菌影響研究獲進展
全球氣候變化會影響土壤微生物所驅動的地球化學循環過程;而后者又會反過來進一步影響全球氣候的變化。產甲烷古菌是稻田生態系統代表性微生物，負責稻田甲烷的生成。稻田產甲烷古菌對全球氣候變化中的大氣二氧化碳濃度升高、全球增溫效應的響應已多有報道，但對全球氣候變化中另一個重要組成部分，近地層臭氧濃度升高的
IntegraGen為巴斯德研究所提供高通量測序服務
IntegraGen公司今天宣布與巴斯德研究所達成合作協議，在微生物學領域開展高通量測序。 根據協議細則，IntegraGen公司將為法國國家參考中心與巴斯德研究所微生物基因組文庫提供測序服務。另外，IntegraGen公司也將開發一款新型管理軟件以供巴斯德研究所內部使用。 合作雙方表示，該
謝曉亮：從單細胞研究到高通量測序
2011年7月第八期《自然—方法學》刊登了Monya Baker撰寫的一篇人物特寫，詳細介紹了在當期發表的論文 “Fluorogenic DNA sequencing in PDMS microreactors”的主要作者哈佛大學謝曉亮教授的高通量測序技術。全文翻譯如下： 在科學界，
高通量測序技術——第二代測序技術
高通量測序技術是對傳統測序一次革命性的改變，一次對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定，因此在有些文獻中稱其為下一代測序技術(next generation sequencing)足見其劃時代的改變，同時高通量測序使得對一個物種的轉錄組和基因組進行細致全貌的分析成為可能，所以又被稱為深度測序(de
Soil－Biology－－Biochemistry：土壤微生物群落定量研究優化策略
近日，中國農業科學院農業資源與農業區劃研究所植物營養團隊研究提出土壤微生物群落定量研究優化策略。相關成果發表在《土壤生物學與生物化學（Soil Biology & Biochemistry）》上。 微生物群落的組成和功能在人類健康、全球元素循環、作物生長和植物抗病中發揮關鍵作用。隨著高通量測序
DNA測序技術的現狀和發展（二）
三、新一代DNA測序技術DNA測序技術已廣泛應用于生物學研究的各個領域，很多生物學問題都可以借助高通量DNA測序技術予以解決。過去三年，大規模平行 測序平臺（massively parallel DNA sequencing platform）已經發展為主流的測序技術，這項測序技術的出現不僅
高通量測序的應用及前景
一、高通量測序的應用 高通量測序可以幫助研究者跨過文庫構建這一實驗步驟，避免了亞克隆過程中引入的偏差。 依靠后期強大的生物信息學分析能力，對照一個參比基因組（reference genome）高通量測序技術可以非常輕松完成基因組重測序（re-sequence），2007年van Orsouw
llumina高通量測序平臺的應用
Illumina公司的新一代測序儀Genome Analyzer最早由Solexa公司研發，利用其ZL核心技術“DNA簇”和“可逆性末端終結（reversible terminator）”，實現自動化樣本制備及基因組數百萬個堿基大規模平行測序。Illumina公司于2007年花費6億美金的巨資收