454高通量測序——研究土壤微生物的新手段（二）
二、高通量測序在土壤微生物研究中的應用 1.1 研究土壤微生物的物種多樣性 微生物物種多樣性主要從對微生物類群即細菌、真菌和放線菌這三大類群的數量及其比例組成來描述微生物多樣性，或者按照微生物在生態系統中的作用將其劃分成不同的功能群(function group)，通過某一功能群中物種的分類及其數量來研究土壤微生物多樣性，如對土壤中的產甲烷細菌、固氮菌、根瘤菌等的多樣性進行研究。以下是幾篇具有代表性的文章。 Roesch等[9]采用454測序法對西半球的一個大的橫斷面的4類土壤進行檢測和統計學評價。結果表明，這4種土壤中，最豐富的微生物類群擬桿菌綱、β-變形菌綱和α-變形菌綱。與農業土壤相比，森林土壤的微生物多樣性更為豐富，然而檢測結果表明森林土壤中的古生菌多樣性較少，僅為該位點所有序列的0.009%，而農業土壤的比例則為4% -12%。 土壤中細菌的多樣性差距非常大，因土壤結......閱讀全文
土壤細菌和氨氧化微生物群落組成對土地利用研究獲進展
土壤微生物是土壤的重要組成部分，是土壤養分(C、N、P等)轉化和循環的主要動力，又是土壤養分的儲備庫和植物生長可利用養分的一個重要來源，是土壤肥力水平的活性指標，在土壤生態系統中起著非常重要的作用。其中氨氧化微生物是氮素循環中關鍵微生物之一，已有研究表明不同土地利用方式以及不同農業措施對土壤細菌
環境中的土壤污染及檢測手段研究
環境污染問題已經受到國內外普遍關注。本文擬對環境污染過程中存在的主要問題進行檢測技術的分析,為我國的環境檢測技術發展提供借鑒,從檢測做起,積極落實環境保護工作。1 土壤的相關污染類型概述 土壤環境的污染源比起大氣和水的環境污染更為復雜,污染物的種類也更多。主要的土壤污染物分四大類:①化學污染物
高通量測序的步驟
當然，首先地提取出您想要測序的東西，比如RNA、DNA 。再就是建庫-測序-分析。建庫需要將序列片段化、加接頭、PCR。不同的業務有細微的差別，比如RNA要先反轉錄成cDNA等等。然后就是上機測序了！最后就是數據分析了。數據分析分為流程分析（基本分析）和個性分析（根據老師課題分析）。這些以后呢，就是
高通量測序的意義
高通量測序技術的誕生可以說是基因組學研究領域一個具有里程碑意義的事件。該技術使得核酸測序的單堿基成本與第一代測序技術相比急劇下降, 以人類基因組測序為例, 上世紀末進行的人類基因組計劃花費 30 億美元解碼了人類生命密碼, 而第二代測序使得人類基因組測序已進入萬(美)元基因組時代。如此低廉的單堿
高通量測序原理
高通量測序原理是將基因組 DNA 片斷化，然后克隆到質粒載體上，再轉化大腸桿菌。對于每個測序反應，挑出單克隆，并純化質粒 DNA。高通量是相對于第一代測序的，第一代測序只能一次測1個樣品的1段序列，產生的數據量相對來說很小，而高通量測序一次能夠產生的數據量在幾十G上百G，可以一次測很多的樣本。高通量
高通量測序技術
沒有測序的癌癥診斷是不完整的，完整的癌癥診斷應該包括一系列基于細胞遺傳學技術、熒光原位雜交技術、標準分子技術以及NGS的預后與預測性分析。對于早期癌癥患者來說，NGS序列分析在多種癌癥的篩查技術中具有不容忽視的代表性;而對于晚期癌癥患者，大量的侵入性測試往往只能篩查出少數幾個藥物靶點。 隨
高通量測序原理
高通量測序原理是將基因組 DNA 片斷化，然后克隆到質粒載體上，再轉化大腸桿菌。對于每個測序反應，挑出單克隆，并純化質粒 DNA。高通量是相對于第一代測序的，第一代測序只能一次測1個樣品的1段序列，產生的數據量相對來說很小，而高通量測序一次能夠產生的數據量在幾十G上百G，可以一次測很多的樣本。高通量
高通量測序原理
高通量測序原理是將基因組 DNA 片斷化，然后克隆到質粒載體上，再轉化大腸桿菌。對于每個測序反應，挑出單克隆，并純化質粒 DNA。高通量是相對于第一代測序的，第一代測序只能一次測1個樣品的1段序列，產生的數據量相對來說很小，而高通量測序一次能夠產生的數據量在幾十G上百G，可以一次測很多的樣本。高通量
高通量測序技術在腸道菌群多樣性研究中的應用（一）
在人體腸道中生活著數以萬億的共生菌群，它們的種類繁多，可達上千種，數量也很驚人，是人體細胞總量的10倍以上，迄今為止，仍有80%以上的微生物不為人知。這些腸道微生物和人體存在著互利共生的關系，對于維持人類的健康發揮著重要的作用。它們在腸道中保持著一種動態的平衡，能夠合成維生素、幫助人體從食物中吸收營
454用于人類微生物菌落項目
最近在Nature1及其他刊物中發表了多篇與人類微生物菌落項目(Human Microbiome Project)有關的文獻，該項目已歷時5年旨在發現人體不同部位的微生物菌落特征。而最近的這些文獻的發表只是該項目大量數據的初步分析結果，隨之而來的將是從更多分析方法角度帶來的新的思路
高通量測序技術研究進展介紹
第二代測序技術， 又稱新一代測序技術， 是相應于以Sanger 測序法為代表的第一代測序技術而得名。第二代測序中3種主流測序技術分別為依次出現的 Roche/454 焦磷酸測序(2005 年)、Illumina/Solexa 聚合酶合成測序(2006 年)和 ABI/SOLiD 連接酶測序(
454測序識別早期HIV耐藥性突變
回顧性研究分析表明即使最低水平的耐藥性突變也會導致早期治療失敗?2月17日《傳染病雜志》（Journal of Infectious Disease）在線公布的一項研究稱HIV病毒群體中少至1％的HIV耐藥性突變會對臨床結果產生顯著影響。這篇論文由羅氏旗下454生命科學公司與耶魯大學醫學院研究人
近地層臭氧濃度升高對稻田產甲烷古菌影響研究獲進展
全球氣候變化會影響土壤微生物所驅動的地球化學循環過程;而后者又會反過來進一步影響全球氣候的變化。產甲烷古菌是稻田生態系統代表性微生物，負責稻田甲烷的生成。稻田產甲烷古菌對全球氣候變化中的大氣二氧化碳濃度升高、全球增溫效應的響應已多有報道，但對全球氣候變化中另一個重要組成部分，近地層臭氧濃度升高的
南京土壤所土壤真核微生物海拔分布研究取得進展
大型真核生物(如宏觀動植物)的多樣性一般隨海拔升高而降低，而土壤原核微生物(如細菌)卻并不一定呈現出明顯的海拔分布模式。因此，細胞結構與生物尺寸大小的差異可能對生物多樣性隨海拔的分布模式產生重要的影響。 中國科學院南京土壤研究所褚海燕研究員課題組通過454高通量測序技術深入研究了長白山土壤真核
在CRISPR/Cas9相關研究中應用高通量測序技術（二）
四．CRISPR/Cas9技術與新一代測序技術的聯用?革命性技術總是發展迅速、應用廣泛的。作為另一項革命性的生命科學研究技術，DNA新一代測序技術在近五、六年得到快速發展和推廣。它已經用于生命科學相關領域的許多方面。同樣地，也可以用在CRISPR/Cas9相關的研究中。兩者之間的應用領域有許多交叉或
東北黑土農田酸桿菌生物地理分布研究獲進展
土壤中酸桿菌門細菌數量與變形菌門細菌相當，一般占細菌總量的20%-50%左右，在土壤生態過程中起重要作用。酸桿菌細菌一般具有嗜酸、寡營養和難培養的特點。國際上多篇基于高通量測序論文的研究結果發現，森林和草原土壤中酸桿菌的相對豐度與土壤pH成顯著負相關關系，然而前期針對我國東北黑土農田的研究發現這
高通量測序技術的應用
測序技術推進科學研究的發展。隨著第二代測序技術的迅猛發展，科學界也開始越來越多地應用第二代測序技術來解決生物學問題。比如在基因組水平上對還沒有參考序列的物種進行重頭測序(de novosequencing)，獲得該物種的參考序列，為后續研究和分子育種奠定基礎；對有參考序列的物種，進行全基因組重測
高通量測序的相關介紹
高通量測序技術（High-throughput sequencing）又稱“下一代”測序技術（"Next-generation" sequencing technology），以能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定和一般讀長較短等為標志。 名詞解釋 根據發展歷史、影響力、測序原
高通量測序的實驗過程
1.樣本準備（sample fragmentation）2.文庫構建(library preparation)3.測序反應(sequencing reaction)4.數據分析(data analysis)
高通量測序分的原理
對DNA分子進行序列測定。1.對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定和一般讀長較短等為標志。2.根據發展歷史、影響力、測序原理和技術不同等，主要有以下幾種：大規模平行簽名測序（Massively Parallel Signature Sequencing, MPSS)、聚合酶克隆（Polony S
簡述高通量測序的意義
高通量測序技術的誕生可以說是基因組學研究領域一個具有里程碑意義的事件。該技術使得核酸測序的單堿基成本與第一代測序技術相比急劇下降, 以人類基因組測序為例, 上世紀末進行的人類基因組計劃花費 30 億美元解碼了人類生命密碼, 而第二代測序使得人類基因組測序已進入萬(美)元基因組時代。如此低廉的單堿
高通量測序的實驗過程
1.樣本準備（sample fragmentation）2.文庫構建(library preparation)3.測序反應(sequencing reaction)4.數據分析(data analysis)
新一代超高通量基因組測序系統－GS－FLX開創科研無限新...
新一代超高通量基因組測序系統 GS FLX開創科研無限新可能GS FLX系統是由羅氏454生命科學公司推出的目前應用最廣的超高通量基因組測序系統，研究人員利用高準確性、長讀長的GS FLX系統快速的獲得高質量的生物數據，取得科研突破性進展。自GS系統問世以來，于世界頂級雜志共發表250余篇高質量
高通量測序技術包括
高通量測序技術及原理介紹如下：高通量測序技術（High-throughput sequencing）又稱“下一代”測序技術（“Next-generation” sequencing technology），以能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定和一般讀長較短等為標志。測序技術推進科學研
什么是高通量測序
高通量測序技術（High-throughput sequencing）又稱“下一代”測序技術（"Next-generation" sequencing technology），以能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定和一般讀長較短等為標志。根據發展歷史、影響力、測序原理和技術不同等，主要
Solexa高通量測序方法
高通量測序發展的背景基因決定了一個人的相貌、身高甚至疾病，它存在于每個人體細胞的ＤＮＡ中。而組成ＤＮＡ的基本物質則是由Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃ表示的４種堿基，一個人的基因組測序就是排列出其ＤＮＡ上所有堿基的順序。如果每個人都能擁有一份屬于自己的基因組圖譜，那么科學家們長期以來期待的“個性化醫療時代”就會可能成
焦磷酸測序原理
焦磷酸測序技術(pyrosequencing)是一種新型的酶聯級聯測序技術，焦磷酸測序法適于對已知的短序列的測序分析，其可重復性和精確性能與SangerDNA測序法相媲美，而速度卻大大的提高。焦磷酸測序技術產品具備同時對大量樣品進行測序分析的能力，為大通量、低成本、適時、快速、直觀地進行單核苷酸
454測序協助發現皰疹樣病毒與熱帶珊瑚礁的大面積減少...
454測序協助發現皰疹樣病毒與熱帶珊瑚礁的大面積減少有關為了確定病毒病原體對珊瑚健康衰退的影響，圣地亞哥州立大學的研究人員最近在Forest Rohwer博士的領導下，用454生命科學的Genome Sequencer系統對各種環境壓力下的Porites compressa珊瑚樣本進行了宏基
什么是基因二代測序
第二代測序為高通量測序，采用微珠或高密度芯片邊合成邊測序，代表有454，solexa，solid，高通量，可一次獲得數G數據，相對與第三代，都仍然需要擴增的方法放大信號，擴增后再檢測。第二代測序技術的核心思想是邊合成邊測序（Sequencing by Synthesis），即通過捕捉新合成的末端的標
高通量測序發展史
人類基因組計劃(human genome project, HGP) 在介紹高通量測序發展之前，需要先為大家介紹一個人類發展史上的一項重要創舉——人類基因組計劃(human genome project, HGP)。HGP的完成對測序技術的推動作用意義重大。 HGP是由美國科學家于1985年率先