引物退火溫度是影響PCR的主要因素之一，一般來說每個引物都對應著各自的退火溫度。影響：以文獻作參考，在一定的溫度范圍內，退火溫度越高，擴增的特異性也就越高。退火溫度越低，擴增產物的特異性也就降低。如果退火溫度過高，引物與模板結合差，電泳條帶差，甚至沒有擴增。如果溫度過低，擴增特異性差，雜帶較多，背景深。
