從生物樣品中提取DNA（DNA一般都有部分的降解），可運用PCR技術擴增出高可變位點（如VNTR系統，串聯重復的小衛星DNA等）或者完整的基因組DNA，然后將擴增出的用DNA酶切成DNA片斷，經瓊脂糖凝膠電泳，按分子量大小分離后，轉移至尼龍濾膜上，然后將已標記的小衛星DNA探針與膜上具有互補堿基序列的DNA片段雜交，用放射自顯影便可獲得DNA指紋圖譜。
瓊脂糖凝膠電泳是分離，鑒定和純化DNA片段的常規方法。利用低濃度的熒光嵌入染料-溴化乙錠進行染色，可確定DNA在凝膠中的位置。如有必要，還可以從凝膠中 回收DNA條帶，用于各種克隆操作。瓊脂糖凝膠的分辨能力要比聚丙烯酰胺凝膠低，但其分離范圍較廣。用各種濃度的瓊脂糖凝膠可以分離長度為200bp至近50kbp的DNA。長度100kb或更大的DNA，可以通過電場方向呈周期性變化的脈沖電場凝膠電泳進行分離。
在基因工程的常規操作中，瓊脂糖凝膠電泳應用最為廣泛。它通常采用水平電泳裝置，在強度和方向恒定的電場下進行電泳。DNA分子在凝膠緩沖液（一般為堿性）中帶負電荷，在電場中由負極向正極遷移。DNA分子遷移的速率受分子大小，構象。電場強度和方向，堿基組成，溫度和嵌入染料等因素的影響。