當DAPI與雙股DNA結合時,在熒光顯微鏡觀察下,DAPI染劑在358nm(紫外線)處有一個最大吸收峰,并在461nm(藍)處有一個最大發射峰,其發射光的波長范圍含蓋了藍色至青綠色,因此在熒光顯微技術中DAPI被紫外線照亮且被藍或青色濾鏡檢出。
DAPI也可以和RNA結合,但產生的熒光強度不及與DNA結合的結果,其發射光的波長范圍約在400nm左右。