因為黃桿菌感染的臨床表現特異性不強，單純從臨床表現判斷出是黃桿菌感染是困難的，必須迅速取得標本，分離該菌。以血液瓊脂或麥康凱瓊脂平板，30℃培養18～24h挑取可疑菌落接種TSI，30℃ 24h培養，高層和斜面不產酸，氧化酶陽性，菌苔黃色，略帶黏性，可疑黃桿菌，待進一步鑒定。下一步是定屬，O-F試驗為氧化型，產黃色素（少數不產生），不擴散至培養基內；無動力，無芽孢；具有氧化酶和過氧化化氫酶；革蘭陰性桿菌或球桿菌。再下一步是定種，以生化試驗確定菌種。重要的是上述腦膜膿毒黃桿菌與6群黃桿菌的鑒定，上已述及。