高效液相色譜法的常見問題有：
1、渦流擴散
流動相碰到較大的固體顆粒，就像流水碰到石頭一樣產生渦流。如果柱裝填得不均勻，有的部分松散或有細溝，則流動相的速度就快；有的部位結塊或裝直緊密則流就慢，多條流路有快有慢，就使區帶變寬。因此，固相載體的顆粒要小而均勻，裝柱要松緊均一，這樣渦流擴散小，柱效率高。
2、分子擴散
分子擴散就是物質分子由濃度高的區域向濃度低的區域運動，也稱縱向分子擴散。要減少分子擴散就要采用小而均勻的固相顆粒裝柱。同時在操作時，如果流速太慢，被分離物質停留時間長，則擴散嚴重。
3、質量轉移
被分離物質要在流動相與固定相中平衡，這樣才能形成較窄的區帶。在液相色譜中，溶質分子要在兩個液相之間進行分配，或在固相上被吸附和解吸附均需要一定的時間。當流速快時，轉移速度慢，來不及達到平衡動相就向前移，這各物質的非平衡移動，使區帶變寬。
4、動相流速
當流速太低時，分子擴散嚴重，特別是在氣相色譜中尤為突出。如將理論塔板高度對流速作圖，理論塔板高度隨流速增加而急速下降，流速再加大則質量轉移起主要作用，理論塔板高度又加大。在高效液相色譜中，流速稍快影響不大，但在凝膠過濾色譜中，因為物質要滲透到凝膠內部，所以質量轉移影響大，流速咖大會降低柱效率。
5、固定相顆粒大小
定相顆粒越小柱效率越高，對流動相流動的阻力越大，需要加大壓力才能使它流動。