嚴重營養不良者，伴隨血漿膽固醇明顯降低，HDL-C也會降低，肥胖的者HDL-C也多偏低；
糖尿病、肝炎和肝硬化等疾病狀態可伴有低HDL-C ；
高三酰甘油血癥患者往往伴有低HDL-C ；
HDL-C降低還見于急性感染、糖尿病、慢性腎功能衰竭、腎病綜合征等 ；
少至中量飲酒和體力活動會導致HDL-C升高，吸煙則會導致HL-C下降 ；
注射雌激素胰島素、服用避孕藥、煙酸、胰島素、肝素、維生素e等藥物也會導致HDL-C升高，這種情況下只需要適當休息，停止服用或是減量服用藥物即可恢復正常 ；
HDL-C含量過高（如超過2.6 mmo/L），屬于病理狀態，常被定義為高HDL-C血癥，可分為原發性和繼發性兩類：原發性高HDLC血癥的病因可能有膽固醇酯轉運蛋白（CETP）缺損、肝脂酶（HL）活性降低或其他不明原因；繼發性高HDL-C血癥病因可能有運動失調、飲酒過量、慢性中毒性疾病、長時間的需氧代謝、原發性膽汁性肝硬化、治療高脂血癥的藥物引起及其他不明原因。總之，膽固醇酯轉運蛋白及肝脂酶活性降低是引起高HDL-C血癥的主要原因 。