首先是色譜柱的方向問題。大多數色譜柱會標明方向。這個傻子都知道，安裝的時候要順著方向安裝。不過也有一些色譜柱沒有方向，這些是雙相填料的色譜柱。第一次使用時的方向就是它的方向。不過所有的色譜柱都是，一旦開始使用，就不要轉換方向。這樣會損毀色譜柱。
第二個是柱壓問題。一般的色譜柱壓力最好不要超過20MPa，壓力過高會加速損毀色譜柱。
第三，柱溫。色譜柱溫度最好不要超過45℃。也是會加速損毀色譜柱。
還有pH值。色譜柱的pH值范圍是不同的。大多數色譜柱的pH值范圍是4-7左右。有些偏向酸性，有些偏向堿性的，還有一些pH值廣泛的。這些按照說明書操作即可。
除此之外，色譜柱還有別的一些需要注意的事情。
首先，鍵合硅膠色譜柱分成幾種。比如C18、C8、苯基柱這些的使用方法都差不多。是反相色譜柱。它們的流動相中還有大量的水，還有無機鹽。這個時候需要注意，無機鹽是不能夠長時間留在色譜柱里面的。色譜柱最好保存在純甲醇或者純乙腈里面。但是無機鹽不能溶于純甲醇或者純乙腈。所以中間要過渡甲醇水或者乙腈水。
而有些色譜柱比較特殊，比如氨基柱、氰基柱。他們是可以用于正相，也可以用于反相。所以使用的時候注意區分。配置流動相的時候也避免使用大量的水相。