重組疫苗是將主要的過敏原重組在一起，代替過敏原提取物達到脫敏的目的，又稱為重組過敏原疫苗。但無論是抗原識別受體（BCR 或TCR），還是特異性抗體分子（IgE 或IgG），所識別抗原的位置均不是完整的抗原分子，而是一段特定的氨基酸序列，該段序列稱為抗原表位。
與此同時，隨著人們對過敏原研究的深入，許多過敏原的抗原表位被發現，重組疫苗的研究進入抗原表位水平，即將主要過敏原的抗原表位重組在一起作為疫苗，稱為肽段疫苗。肽段疫苗由于使用固相肽段合成的方法制成，只含有線性表位，不含有構象表位，導致其免疫原性不足，但肽段疫苗也能誘導產生高濃度的IgG，原因是高度重復的抗原表位提高了免疫治療的效率。
由于T 細胞識別的外來過敏原的抗原表位是由MHC-Ⅱ類分子提呈的，因此近年來人們又提出了將MHC-Ⅱ類分子作為“釣餌”來篩選T 細胞識別的抗原表位，將T 細胞識別的抗原表位重組作為疫苗[7]，進一步提高治療效率、減少疫苗的副作用 。