輸液泵產生故障，須查明原因，采取相應的措施排除故障：
1、 沒有流動相流出，又無壓力指示。原因可能是輸液泵內有大量的氣體，這時可打開泄壓閥，使泵在較大的流量（5ml/min）下運轉，將氣泡排盡，也可用一個50ml的注射器在泵出口處幫助抽出氣體。另一個原因可能是密封環磨損，需更換。
2、 壓力的流量不穩。原因可能是氣泡，需要排除，或者是單向閥內有異物，可以卸下單向閥，浸入丙酮內，進行超聲清洗。有時有可能是砂濾棒內有氣泡或被鹽的微小晶體粒或滋生的微生物部分堵塞，這時，卸下砂濾棒浸入流動相內，超聲除氣泡，或將砂濾棒（片）浸入稀酸（如4mol/L硝酸）內迅速除去微生物或將鹽溶解，再立即清洗。
3、 壓力過高的原因，是管路被堵塞，需要清除或清洗。壓力降低的原因則可能是管路有泄漏。檢查堵塞或泄漏時可以逐段進行。