培養細胞一經污染，多數較難處理。在細胞培養中如果污染細胞價值不大，宜棄之；在尋找原因后徹底消毒操作室，復蘇或重新購置細胞，再進行細胞培養。
污染細胞價值較大，又難于重新得到，可采取以下辦法清除。
1、細菌和真菌的清除
抗生素對殺滅細菌較有效。聯合用藥比單獨用藥效果好。預防用藥比污染后再用藥效果好。
預防用藥一般用雙抗生素，污染后清除用藥需采用大于常用量5～10倍的沖洗法，于加藥后作用24～48小時，再換常規培養液。此法在污染早期有效。
2、支原體的清除
(1) 用MRA處理
用MRA（Mycoplasma Removal Agent）處理細胞，每4天換一次液,連續處理15天以確保細胞純潔健康，效果好。
(2) 用清洗純化法清除支原體污染的方法
細胞營養馴化→細胞群的篩選→細胞清洗→反復離心洗滌。
其原理是利用離心力、細胞、微生物質量和懸液的浮力差達到清除支原體的目的。由于支原體個體小且除發酵支原體外多為細胞外寄生,所以通過反復洗滌細胞和低速離心換液使其中潛在的支原體數量降低限。
如結合敏感抗生素的抑殺作用，可達到更好的效果。
(3) 藥物輔助加溫處理
細胞培養先用藥物處理后，再將污染的組織培養物放在41℃培養18小時，可殺死支原體，但對細胞有不良影響。
(4) 使用支原體特異性血清
用5%的兔支原體免疫血清可去除支原體污染，因特異抗體可抑制支原體生長，故經抗血清處理后11天即轉為陰性，并且5個月后仍為陰性。
但此法比較麻煩，不如用抗生素方便、經濟。