在構建融合蛋白中，一個關鍵的問題是兩蛋白間的接頭序列( Linker )，即連接肽。它的長度對蛋白質的折疊和穩定性非常重要。如果接頭序列太短，可能影響兩蛋白高級結構的折疊，從而相互干擾；如果接頭序列太長，又涉及免疫原性的問題，因為接頭序列本身就是新的抗原。
一般來說， 3-5個氨基酸的Linker可滿足大部分融合蛋白的正確折疊的要求。 有人嘗試在融合蛋白間加入一段有疏水性和一定伸展性的較長肽鏈，如(Gly4Ser1)，目的是將兩者分開，以緩解相互干擾作用， 并獲得了滿意的結果。 但具體涉及到每種蛋白時，需具體分析。當我們構建融合蛋白時，應多選擇幾種融合方式， 從中優化出理想的連接方式。另外，大量研究表明連接肽的柔性和疏水性對不擾亂蛋白質的功能結構域是十分重要的。
遺憾的是，目前對于連接肽序列的設計還沒有可靠的選擇標準。現在，大多數連接肽序列的設計和選擇仍主要依賴于直覺。盡管依賴于蛋白質的一級結構來預測其二級結構已經產生了重大的進步，但是我們對于序列和結構之間的關系的了解還是很有限的。