纖維蛋白（fibrous protein）：一類主要的不溶于水的蛋白質，通常都含有呈現相同二級結構的多肽鏈許多纖維蛋白結合緊密，并為單個細胞或整個生物體提供機械強度，起著保護或結構上的作用。
球蛋白(globular protein)：緊湊的，近似球形的，含有折疊緊密的多肽鏈的一類蛋白質，許多都溶于水。典形的球蛋白含有能特異的識別其它化合物的凹陷或裂隙部位。
角蛋白（keratin）：由處于α-螺旋或β-折疊構象的平行的多肽鏈組成不溶于水的起著保護或結構作用蛋白質。
膠原（蛋白）（collagen）：是動物結締組織最豐富的一種蛋白質，它是由原膠原蛋白分子組成。原膠原蛋白是一種具有右手超螺旋結構的蛋白。每個原膠原分子都是由3條特殊的左手螺旋（螺距0.95nm，每一圈含有3.3個殘基）的多肽鏈右手旋轉形成的。
伴娘蛋白（chaperone）：與一種新合成的多肽鏈形成復合物并協助它正確折疊成具有生物功能構向的蛋白質。伴娘蛋白可以防止不正確折疊中間體的形成和沒有組裝的蛋白亞基的不正確聚集，協助多肽鏈跨膜轉運以及大的多亞基蛋白質的組裝和解體。
肌紅蛋白（myoglobin）：是由一條肽鏈和一個血紅素輔基組成的結合蛋白，是肌肉內儲存氧的蛋白質，它的氧飽和曲線為雙曲線型。
血紅蛋白（hemoglobin）：是由含有血紅素輔基的4個亞基組成的結合蛋白。血紅蛋白負責將氧由肺運輸到外周組織，它的氧飽和曲線為S型。
蛋白質按其組分進行分類，可分為單純蛋白質和綴合蛋白質。有些蛋白質分子僅由氨基酸殘基組成，不含其他化學成分，這些蛋白質稱為單純蛋白質。而有些蛋白質分子是有氨基酸殘基和其他化學成分組成的，這種類型的蛋白質稱為綴合蛋白質。
蛋白質按功能進行分類，可分為活性蛋白質和非活性蛋白質。活性蛋白質是指在生命過程中一切有活性的蛋白質，如酶、激素蛋白質等。非活性蛋白質是指對生物體起保護作用或 [3] 支持作用的蛋白質，如膠原蛋白、角蛋白等。
蛋白質按溶解度進行分類，可分為白蛋白，球蛋白，谷蛋白，醇溶谷蛋白、硬蛋白、組蛋白、精蛋白等。
蛋白質變性（denaturation）：生物大分子的天然構象遭到破壞導致其生物活性喪失的現象。蛋白質在受到光照，熱，有機溶劑以及一些變性劑的作用時，次級鍵受到破壞，導致天然構象的破壞，使蛋白質的生物活性喪失。
復性（renaturation）：在一定的條件下，變性的生物大分子恢復成具有生物活性的天然構象的現象。
別構效應（allosteric effect）：又稱為變構效應，是寡聚蛋白與配基結合改變蛋白質的構象，導致蛋白質生物活性改變的現象。