1．合成開始后檢查要點
合成開始時，檢查第二個核苷酸脫DMT所產生的橘色，保證一切正常。*個DMT的顏色不能作為提供資料的依據，因為它是載體上裝進的*個核苷的量度。檢查合成柱是否滲漏，滲漏原因可能是由于柱子錯誤或柱子與合成儀上的luer接頭未擰緊所致。檢查監視器上的詳細內容，必要時重新存儲所需參數。
2．自動DNA合成儀上試劑的穩定性
無論合成進行到什么程度，試劑管道中的單體每幾分鐘就需要補充一次，不會出現嚴重的亞磷酰胺分解。但是如果儀器已經1h以上未運行，在合成開始前必須清洗試劑管路，除去管內分解的試劑。即使在的條件下，試劑的壽命也是有限的，因此，要將在合成儀上存放2周以上的試劑棄去；對于合成30個堿基12 1-_的寡核苷酸，應用的亞磷酰胺和四唑在合成儀上的時間應短于一周。對于合成50mer或更長的寡核苷酸，應該用新鮮的亞磷酰胺、四唑和乙腈。
3．自動DNA合成儀上的試劑更換
在某一合成期間任何一種試劑用完都會導致合成失敗，所以在合成前必須檢查所有儲液瓶內的試劑量。如果實驗室內溫度降至18~C以下，需要用電吹風溫熱儲液瓶，使某些結晶溶解。如果一個位置配有一個一次性的瓶塞，當新瓶子放到合成儀上時，要檢查并更換瓶塞。任何裂開的瓶塞都不能使用，*性的瓶塞也要檢查。另外，要檢查試劑瓶口邊緣是否有缺口，缺口瓶在合成儀上塞不緊，不能輸送試劑。
4．合成中更換試劑瓶
在特定循環上單體縮合、封閉、氧化完成后，等待用乙腈清洗，并中斷循環和三個柱。然后按正常方法換瓶，取消所有中斷信息，重新開始合成，千萬不要讓合成中斷超過lmin，這樣會使偶聯率下降或造成合成失敗。