小腸內細菌孳生的診斷：
1.十二指腸，上段空腸消化液細菌培養 優點是可以直接測定細菌數，缺點有創性，容易污染。
2.14C甘氨膽酸鹽呼氣試驗 給病人口服5UCi l4C甘氨膽酸鹽，經小腸內細菌分解14C甘氨酸，14C甘氨酸經細菌酶作用，在腸腔內代謝產生14CO2，經腸黏膜吸收入血，在口服14C甘氨膽酸鹽lh后，14CO2經肺呼出，呼出14CO2可直接測定，呼出14CO2增加表示不結合膽酸增加，不結合膽酸增加可能由于小腸細菌孳生過度產生，小腸細菌孳生綜合征病人呼出14CO2比正常人大10倍，因此14C甘氨膽酸鹽呼氣試驗對胃切除后小腸腔內細菌孳生過度診斷有幫助。
3.14C木糖呼氣試驗 木糖主要在近段空腸吸收，如果分解增加，說明小腸腔內細菌孳生過度，在小腸細菌孳生綜合征病人中，試驗開始60min內呼出氣中14CO2增加，本試驗被認為是診斷小腸細菌孳生綜合征首選的試驗，具有較好靈敏性和特異性。