(1)肺部主要原發性病變：盡管導致慢性肺心病的病因多種多樣，但我國慢性肺心病的肺部主要原發性疾病絕大多數為慢性支氣管炎和阻塞肺氣腫。
(2)肺血管的病變：慢性肺心病時，常可觀察到：
①肺動脈血管的管壁增厚和管腔狹窄或閉塞。
②肺泡壁毛細血管床破壞和減少，這不僅是慢性肺心病的表現，也是加重和促進慢性肺心病發展的重要原因之一。
③肺血管床的壓迫，肺廣泛纖維化，瘢痕組織收縮，嚴重肺氣腫等均可壓迫肺血管使其變形，扭曲。
(3)心臟病變：慢性肺心病時，心臟的主要病變表現為心臟重量增加，右心肥大，右心室肌肉增厚，心室腔擴大，肺動脈圓錐膨脹，心尖圓鈍，光鏡下觀察，常見心肌纖維呈不同程度的肥大性變化，表現為心肌纖維增粗，核大深染，呈不規則形，方形或長方形，心肌纖維出現灶性肌漿溶解或灶性心肌纖維壞死或纖維化，心肌間質水腫，炎細胞浸潤，房室束纖維化，小片狀脂肪浸潤，小血管擴張，傳導束纖維減少，急性病變還可見到廣泛組織水腫，充血，灶性或點狀出血，多發性壞死灶，電鏡下可見，細胞線粒體腫脹，內質網擴張，肌節溶解或長短不一，糖原減少或消失等。