腸系膜上動脈栓塞的栓子主要來源于心臟，如心肌梗死后的壁栓，亞急性細菌性心內膜炎的瓣膜贅生物、風濕性心臟瓣膜病變處的贅生物和左右心耳附壁血栓的脫落等；亦可來源于大動脈粥樣硬化的附壁血栓或粥樣斑塊的脫落和膿腫或膿毒血癥的細菌的栓子等。
腸系膜動脈栓塞的發生亦與腸系膜上動脈的解剖結構有關，腸系膜上動脈從腹主動脈呈銳角分出，與主動脈走行平行，管腔較粗，與腹主動脈血流的方向一致，脫落的栓子易于進入，在血管狹窄處或分叉處導致血管栓塞。
