第一步 判斷是否為肝功能損害
肝臟受到損害必然會導致肝功能異常，但是目前存在的問題是，現有的肝功能試驗，包括酶學和其他生化檢查，并非都能夠準確反映肝臟功能，有些試驗的特異性也不強。比如大家最熟悉的丙氨酸氨基轉移酶(ALT)和門冬氨酸氨基轉移酶(AST)并不是肝臟組織內完全獨特的酶，其還存在于心肌、骨骼肌等組織器官中，這些組織的損害同樣可以出現轉氨酶升高；堿性磷酸酶(AKP)和γ-谷氨酰轉肽酶(γ-GT)是反映膽管上皮細胞增生或膽道阻塞、炎癥很有價值的指標。然而成骨細胞、成纖維細胞也可以分泌AKP，最近筆者連續接診兩名AKP增高原因不明的兒童病例，實際為兒童骨骼發育生長中常見的AKP輕度上升。
有研究發現，“健康”體檢者中約1/3出現“肝功能異常”，而實際上此類人群不一定有肝損害。盡管能以同工酶或異構酶等加以鑒別，但是臨床醫生對上述“肝酶”的非特異性認識仍然是很必要的。必要的復查和了解其他相關臟器的損害或功能狀態有助于鑒別。
第二步 了解肝功能損害的程度
在肝功能試驗中，常規檢測的轉氨酶等指標，雖不能反映肝臟功能的全貌，但是一些項目的明顯異常是與肝臟功能呈正比的。比如白蛋白、膽紅素和凝血酶原時間等。
凝血酶原時間(PT)或凝血酶原活動度反映外源性凝血因子水平，盡管敏感度有限，但卻是一項重要的肝臟功能試驗，其反映了肝臟合成凝血因子的能力和水平，嚴重肝病患者PT明顯延長。肝病患者一旦PT明顯延長，尤其是不斷延長，提示肝病嚴重，預后不良。非專科醫生容易忽略PT對判斷肝臟功能的重要性。
值得一提的是，人們比較熟悉的轉氨酶水平與肝臟受損害程度未必完全成正比。
第三步 明確肝臟受損害的原因
這里談的“病因”有兩層含義。
一、直接導致肝損害的疾病因素。我國病毒性肝炎占肝損害首位，其次是藥物性肝損害、自身免疫性肝損害、酒精性肝損害和脂肪性肝炎等。
二、導致肝損害進一步加重的各種因素。肝損害有可能不是單一因素。如慢性病毒性肝炎，就可有乙型肝炎病毒與丙型肝炎病毒合并感染，不僅肝損害程度更為嚴重，還增加了治療難度；再如，酒精性脂肪肝，實際上是同一種致病因素導致的兩種不同的病理損害。