結核桿菌檢查是確診肺結核最特異性的方法，痰中找到結核菌是確診肺結核的主要依據。采取涂片檢查法或細菌培養法。涂片抗酸染色鏡檢快速簡便，在我國非典型分枝桿菌尚屬少見，故抗酸桿菌陽性，肺結核診斷基本即可成立。除了痰液，尚可采取咽喉部分泌物、胸液、腹水、尿液、腦脊液、胃液、膿液、糞便等標本進行檢驗。
