粘膜免疫系統擔負著哨兵的責任，區分無害與有害以決定是放過去（耐受）還是攔下來（免疫反應）。粘膜免疫系統主要是通過產生分泌型IgA（sIgA）和IgM發揮作用， sIgA可以阻止微生物在粘膜上皮層駐扎繁殖，禁止它們進入上皮層。特殊的位置、極其重要的作用使粘膜免疫系統形成與外周免疫系統迥然不同的解剖學結構、淋巴細胞和免疫反應分子機制。從數量上說，粘膜免疫系統是免疫系統中最大的，這里淋巴細胞的數量比其他部分的總和還要多，60%T細胞的工作崗位在粘膜。
