當流動相中加入離子對試劑R+或者R-，這些試劑被色譜柱的固定相進行保留，然后溶質進入色譜柱后與離子對試劑進行離子的交換，從而改變化合物的保留。
一般流動相中加入陰離子型試劑時，電離的堿性化合物會保留增加；中性化合物因色譜柱的固定相表面被離子對試劑吸附，造成部分被阻塞，使得中性化合物的保留時間減少；對于酸性化合物因酸性離子和固定相中的離子對試劑相互排斥，加上固定相被部分離子對試劑堵塞，使得酸性化合物的保留時間減少。當流動相中加入陽離子型試劑時，電離的酸性化合物保留增加，中性和（尤其是）堿性化合物的保留會減少。