直接鏡檢
【采集標本】
采取標本是檢驗能否取得正確結果的關鍵。根據臨床表現選取相應的標本。
鱗屑、菌痂：用鈍刀刮取病損邊緣的鱗屑。
病甲：先清除甲表面游離的污物，取甲板下靠近甲床上部的甲屑。
膿汁，滲出物及各種分泌物：直接用棉拭子采取。
毛發：用鑷子拔取失去光澤和繞有菌鞘的病發、斷發。
腦脊液、腹水、尿液、應離心后取沉淀。
放線菌病：尋找硫磺樣的顆粒。
【制片】
(1)、將采集的標本置于載玻片上，加1滴10%氫氧化鉀溶液，蓋上蓋玻片，
(2)、微微加溫，避免煮沸，驅逐水泡，輕輕壓薄成云霧狀，吸去溢液，先置低倍顯微鏡下觀察找到菌絲和孢子后，再用高倍鏡證實。
【鏡下觀察】
菌絲在鏡下粗細一致，綠色折光，有分隔，胞漿均勻，胞漿內可見大小不等的顆粒。孢子多為圓形或卵圓形，大小一致，可見孢漿內結構。
(1)、墨汁涂片：用于檢查隱球菌及其他有莢膜的孢子。方法是取一小滴墨汁與標本(如腦脊液)混合，蓋上蓋玻片后直接鏡檢。
(2)、涂片或組織切片染色：涂片染色可更好地顯示真菌形態和結構。革蘭染色適用于白念珠菌、孢子絲菌等；瑞氏染色適用于組織胞漿菌；組織切片通常用PAS染色，多數真菌可被染成紅色。