1.循環抗原檢測：
(1)膠乳凝集試驗(LA)檢測念珠菌表面抗原甘露聚糖。
ELISA和免疫印跡檢測含念珠菌胞漿抗原烯醇化酶。系統性念珠菌感染的初期血中抗原濃度多在5μl以下且可能在短期內消失。
血清中以抗念珠菌抗體為主要成分的蛋白會影響抗原的檢出，56℃加熱30分鐘或血清中加入Na2EDTA后121℃加熱5分鐘后堿處理并離心等措施減少或去除影響。
(2)新型隱球菌循環莢膜抗原測定用于診斷新型隱球菌病。
ELISA法更為靈敏。在檢測腦脊液標本時，可能會因為抗原含量過高而出現假陽性，此時應做倍比稀釋。類風濕因子(RF)與隱球菌可能存在交叉反應。采用EDTA或蛋白酶處理或煮沸5分鐘可以去除RF。
(3)半乳糖抗原和其他糖蛋白抗原的測定可用于曲霉感染測定。
2.循環抗體檢測：組織胞漿菌病、球孢子菌病檢測特異性抗體意義較大，孢子絲菌病在培養陰性而又高度懷疑時也可應用。抗體水平4倍以上增高被認為具有臨床意義，間隔2～3周的連續動態觀察更有意義。