引起真菌性腸炎的病原主要是念珠菌，其次是曲菌、毛霉菌、組織胞漿菌、副球孢子菌和地絲菌等。偶見球孢子菌、馬爾尼菲青真菌和新型隱球菌。念珠菌廣泛存在于自然界，也是人體正常菌群之一，為條件致病性真菌中的主要一屬，共有150余種。其中以白念珠菌和熱帶念珠菌最常見，且致病性較強。念珠菌為雙相型真菌，酵母體呈卵圓形或圓形，帶有單個芽生孢子，直徑2.5～5μm，可相互連接形成假菌絲，菌絲體長為5～10μm，可見成串的孢子。在培養基上24h可形成較大的頂端厚壁孢子，而在含血清沙保培養基上37℃1～3h可見芽管形成。念珠菌胞壁上所含甘露糖蛋白是血清學診斷的靶抗原。曲菌屬于子囊菌亞門，有性孢子為子囊孢子，無性孢子為分生孢子，但有些種單營無性生殖。曲菌共有132個種和18個亞種。致病菌主要是煙曲菌、黃曲菌、黑曲菌等10種。病灶中的曲菌孢子大小約3～4μm，形狀不整，密集成群。曲菌菌絲長短不一，多呈桿狀，有分隔，直徑較孢子稍大，菌絲呈銳角分支，并有多根菌絲朝同一方向反復分支的傾向，排列呈放射狀或珊瑚狀。毛霉菌屬于接合菌亞門，有性孢子為接合孢子，無性孢子為孢子囊孢子。菌絲不分隔，較粗大，壁厚具有折光性。約為曲菌菌絲的2～3倍，呈直角分支，可見膨大細胞及彎曲菌絲；孢子囊柄直接由菌絲長出。致病菌以毛霉科中的根霉屬、毛霉屬、犁頭霉屬等3類最為常見，特別是根霉屬中的少根根霉和米根霉，常侵犯胃腸道。
組織胞漿菌有莢膜組織胞漿菌和非洲組織胞漿菌之分，屬不全菌亞門，為雙相型真菌。在組織內和37℃培養基中呈酵母型。直徑2～4μm；在室溫下生長緩慢，為白色菌絲集落，有典型的齒輪狀大分生孢子。菌絲分隔，傳染性很強。副球孢子菌亦為雙相型，在自然環境中或在25℃沙保培養基上呈菌絲相生長，菌落小，鏡下可見寬1～2μm有分隔的分支菌絲，在菌絲兩側有圓形或卵圓形、約3～6μm大小的側生小分生孢子。在組織內或在37℃血瓊脂上呈酵母相生長，形成大的卵圓形或球形酵母體，直徑10～60μm，周圍環繞多個芽生孢子，小者1～2μm，大者10～30μm。地絲菌為酵母樣真菌，屬于不全菌亞門，叢梗孢科，地霉屬。糞等標本直接涂片經10%氫氧化鉀溶液處理后，鏡下可見細的分隔菌絲，以及長方形關節孢子，約4μm×8μm大小，革蘭染色陽性，兩個關節孢子之間無間隙，有時關節孢子一角有芽管生出。偶見圓形孢子，胞壁增厚。