急性可逆性腎損害腎活檢見腎小球系膜增厚，內皮細胞增殖及肥大，基膜不規則增厚。在免疫熒光下，可見IgM（為主）、IgG及C3在基膜內皮下及系膜區沉積。電鏡下見電子致密沉積物，部分可找到瘧原蟲抗原。三日瘧腎臟的病理改變，以腎小球毛細血管壁局灶性（約30%）或彌漫性增厚，毛細血管襻周圍及系膜細胞內呈節段性硬化（30%～75%）為主。基膜增厚，部分病例有少量新月體形成。病變進行性發展為整個腎小球硬化（約占75%），并繼發腎小管萎縮。其特征為毛細血管壁增厚，管腔狹窄及閉塞，腎小管萎縮及顯著間質浸潤。免疫熒光鏡檢主要在系膜區有IgM沉積，另外，有少量IgG、C3，偶可發現IgA。免疫球蛋白多在發病后1周出現，持續時間長達半年。認為沉積物顆粒粗細與IgG亞型有關，粗糙顆粒常含有IgG3，細小顆粒常含有IgG2，電鏡下見到腎小球內皮下有基膜樣物質沉積，基膜內有電子致密沉積物。