設：某物質（A）在電場中移動的距離為
另物質（B）的移動距離為
則：兩物質移動距離之差為：
3-3
（3-3）式指出物質A、B能否分離決定于兩者的遷移率。如兩者的遷移率相同，則不能分離；如有差別則能分離。實驗所選擇的條件如電壓和電泳時間與兩物質的分離距離成正比；電場的距離（如醋纖膜長度）與分離距離成反比。
三、影響電泳速度的因素
電泳速度與電泳遷移率是二個不同的概念，電泳速度是指單位時間內移動距離（cm/t），而遷移率是指單位電場強度下的電泳速度（cm2/V·t）。但二者又是密切相關的，電泳速度越大，遷移率也越大。影響電泳速度的因素有：
（一）、樣品 被分離物的帶電荷量多少和電泳速度的關系成正比。帶電荷量多，電泳速度快，反之則慢。此外，被分離的物質若帶電量相同，分子量大的電泳速度慢，分子量小的則電泳速度快，故分子大小與電泳速度成反比。球形的分子要比纖維狀的快。
（二）、電場強度 電場強度是每1cm的電位降，亦即電勢梯度。例如支持體為紙時，紙的兩端分別浸入兩個電極溶液中，電極緩沖液與紙的交界面間紙的長度為20cm，測得電位降為200V，則紙上電場強度為10V/cm。電場強度愈高，帶電質點移動速度也愈快
（三）、緩沖液 緩沖液能使電泳中的支持介質保持穩定的pH，并通過它的組成成分濃度等因素影響著化合物的遷移率。
1．pH溶液的pH值是決定物質帶電質點解離程度，即該物質帶凈電荷多少的決定因素。對蛋白質、氨基酸等兩性電解質來說，緩沖液的pH值距等電點（pI）越遠，質點所帶凈電荷越多，電泳速度也越快；反之則越慢。因此，當分離蛋白質混合液時，應選擇一個合適的pH值，使各種蛋白質所帶凈電荷的量差異增大，以利于分離。通常血清蛋白電泳時，采用pH8.6的緩沖液，pH值大于血清中各種蛋白質的等電點，所以蛋白質均帶負電荷，故向正極移動。
2．成分通常采用的是甲酸鹽、乙酸鹽、檸檬鹽、磷酸鹽、巴比妥鹽和三羥甲基氨基甲烷-乙二胺基四乙酸緩沖液等。要求緩沖液的物質性能穩定，不易電解。血清蛋白分離時最常用的是巴比妥-巴比妥鈉組成的緩沖液。
3．濃度緩沖液的濃度可用摩爾或離子強度（I=1/2ΣCZ2）表示。離子強度增加，緩沖液所載的分電流也隨之增加，樣品所載的電流則降低。因此，樣品的電泳速度減慢。但要注意的是離子強度增加使電泳時的總電流和產熱也增加，對電泳是不利的。
在低離子強度時緩沖液所載的電流下降，樣品所載的電流增加，因此加快了樣品的電泳速度，低離子強度的緩沖液降低了總電流，結果減少了熱量的產生。但是帶電物質在支持介質上的擴散較為嚴重，使分辨力明顯降低。所以對緩沖液離子強度的選擇，必須兩者兼顧，一般是在0.02~0.2M之間。
（四）支持介質對支持介質的要求是應具惰性較大的材料，且不與被分離的樣品或緩沖液起化學反應。此外，還要求具有一定的堅韌度，不易斷裂，容易保存。由于各種介質的精確結構對一種被分離物的移動速度有很大影響，所以對支持介質的選擇應取決于被分離物質的類型。
1．吸附支持介質的表面對被分離物質具有吸附作用，使分離物質滯留而降低電泳速度，會出現樣品的拖尾。由于對各種物質吸附力不同，因而降低了分離的分辨率。紙的吸附性最大，醋酸纖維薄膜的吸附作用很小。
2．電滲在電場中，液體對固體的相對移動稱為電滲（圖3-2），它是由緩沖液的水分子和支持介質的表面之間所產生的一種相關電荷所引起。水是極性分子，如濾紙中含有羥基使表面帶負電荷，與表面接觸的水溶液則帶正電荷，溶液向負極移動。由于電滲現象與電泳同時存在，所以電泳時分離物質的電泳速度也受電滲的影響。如血清蛋白低壓電泳，在巴比妥鹽緩液pH=8.6、離子強度=0.06的條件下進行，蛋白質的移動方向與電滲現象的水溶液移動方向相反，蛋白質泳動的距離是等于電泳泳動距離減去電滲的距離，使電泳速度減慢。如果二者移動方向相同，蛋白質泳動距離是二者之和，則電泳速度加快。用瓊脂凝膠作為支持介質，因瓊脂中含有較多的硫酸根，固本表面帶較多負電荷，電滲現象明顯。在pH8.6的條件下電泳，許多球蛋白均向負極移動，因電滲移動的距離大于電泳距離，這個原理是對流免疫電泳的理論基礎。
電滲現象可用不帶電的有色顏料或用有色的葡聚糖點置在支持介質的二端中間，經電泳后可觀察電滲作用對這些物質的移動方向和距離。
（五）溫度對電泳的影響
電泳時電流通過支持介質可以產生熱量，按焦耳定律，電流通過導體時的產熱與電流強度的平方、導體的電阻和通電的時間成正比（Q=I2Rt）。產生熱量對電泳技術是不利的，因為產熱可促使支持介質上溶劑的蒸發，而影響緩沖溶液的離子強度。若產熱溫度過高可導致分離樣品變性而使電泳失敗。溫度升高時，介質粘度下降，分子運動加劇，引起自由擴散變快，遷移增加。溫度每升高1度，遷移率約增加2.4%。為降低熱效應對電泳的影響，可控制電壓或電流，也可在電泳系統中安裝冷卻散熱裝置。對高壓電泳增設冷卻系統，以防樣品在電泳時變性。