大面積破損時不宜使用。也不宜長期使用。
哺乳期婦女乳房部位用藥需要防止嬰兒經口吸入。
治療嬰兒口腔念珠菌病時，涂藥后應暫時把嬰兒面部朝下，以避免藥物咽下的可能性。
有實驗報告表明動物全身性吸收甲紫可以致癌，有的國家規定本品只能用于局部未破損皮膚，嚴禁內服。但是目前國內未見有關甲紫致癌的不良反應監測報告。
