質譜法
原則上，添加到引物末端的核苷能夠直接依據質量，利用通過基質輔助激光解吸電離飛行時間質譜（matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectroscopy，MALDI-TOFMS）直接檢測出來，這是一種不需標記的方法。單堿基延伸產物質譜結果能夠顯示所添加的核苷。
MALDI-TOFMS需要大型設備，但因為高度多路技術和高通量分析，這種方法的成本只為0.03美元/單突變，只是備的成本限制了其普及。MALDI-TOFMS還能實現利用非常少量的DNA的超高通量分析。最主要的MALDI-TOFMS平臺是Sequenom的MassArray 基因分型系統。
忠告
一次基因分型分析所能夠檢測的遺傳突變的數量正在快速增長，比如能進行全基因組聯合研究的微點隈雜交（Hybridization to microarrays）。雖然實驗過程比較簡單，但對于有多個旁系同源體的基因或相關的假基因，不能簡單地相信自動分析儀或者微列陣得到的結果。研究它們的突變，首先要對這些片段進行選擇性擴增和基因分型，基因的數量無關緊要，而且，單核苷酸多態性只代表了基因組突變的80%。還有要牢記一點：全基因組相關性研究并不是檢測全基因組。