芯片方陣的構建、樣品的制備、生物分子反應和信號的檢測。
1、芯片制備，先將玻璃片或硅片進行表面處理，然后使DNA片段或蛋白質分子按順序排列在芯片上。
2、樣品制備，生物樣品往往是非常復雜的生物分子混合體，除少數特殊樣品外，一般不能直接與芯片反應。可將樣品進行生物處理，獲取其中的蛋白質或DNA、RNA，并且加以標記，以提高檢測的靈敏度。
3、生物分子反應，芯片上的生物分子之間的反應是芯片檢測的關鍵一步。通過選擇合適的反應條件使生物分子間反應處于最佳狀況中，減少生物分子之間的錯配比率。
4、芯片信號檢測，常用的芯片信號檢測方法是將芯片置入芯片掃描儀中，通過掃描以獲得有關生物信息。