天然生物活性物質具有消炎、抗癌、抗氧化等生理活性，廣泛分布于多種動植物、海洋生物和微生物中。果蔬是日常繕食的重要組成部分，目前已確認的主要功能因子有膳食纖維、果低聚糖、植物甾醇、類胡蘿卜素、類黃酮、二烯丙基二硫化合物、白藜蘆醇、異硫氰酸鹽、檸檬烯等。如蘋果是是日常膳食黃烷醇和黃酮醇的主要來源，具有提高免疫、抗氧化的作用；龍眼多糖具有調節并提高免疫力、記憶力、抗氧化、抗腫瘤等保健功能；葡萄果實及種子中含有的白藜蘆醇，有抑制脂質氧化的作用；堅果中的類黃酮具有抑制血小板凝聚、抑菌與抗腫瘤等作用。蔬菜中的主要生物活性物質有胡蘿卜素、有機硫化合物、多糖及類黃酮中的番茄紅素、花青素等，能顯著地促進人體健康與預防疾病，如南瓜多糖具有食療防病等多種保健功能；苦瓜中的三萜、甾體類、生物堿、蛋白、有機酸及糖類等活性化學成分，具有降血糖血脂、調節酶活性、抗病毒、抗腫瘤等功能。
此外，大豆及其制品中的大豆異黃酮、皂甙、多肽、低聚糖、卵磷脂等主要功能因子，具有抗癌、免疫調節、保護心血管、抗自由基、降血脂等作用；茶葉中的茶多酚、茶多糖、茶γ-氨基丁酸等生物活性物質具有較高 的保健功能；食用菌的抗腫瘤、免疫調節、抗病毒、抗菌消炎、降血脂等功效，與其富含多糖類、三萜類、多肽氨基酸類等活性成分密切相關；海洋生物也含有多種抗腫瘤、抗病毒、抗氧化的生物活性物質。 [8]
一些功能食品也對菌類進行了使用, 例如, 我國生產的藥酒會將不同的動物植物部分放在一起炮制, 同時加入菌類；使用靈芝進行藥酒的制作；使用雙孢菇制作膨化食品等。我國也存在著一些神奇的生物, 最具特色的就是冬蟲夏草。蟲草是由于真菌寄生在蟲子體內, 直到蟲體死亡、真菌占領蟲子的身體, 鉆出地面, 看上去像草一樣。由于形成的特殊性, 也使蟲草中含有一些對人體極為有利的活性因子。當前, 我國已經研發出很多與之相關的功能產品, 如蟲草酒、蟲草果凍和蟲草藥膳等。