1. 濾膜滅菌
將濾膜放入裝有蒸餾水的燒杯中，加熱煮沸 15 分鐘，共煮沸三次，前兩次煮沸后換水洗滌 23 次再煮，以洗去濾膜上殘留的溶劑。
2. 濾膜過濾器裝置
用無菌手續將已滅菌的過濾器基座、濾膜、漏斗和抽濾瓶按圖 1 裝配好，其中濾膜用滅菌鑷子（浸在 95％ 酒精內，用時通過火焰滅菌）移至過濾器的基座上。其他可直接用手或夾鉗操作，但不要碰到伸入抽濾瓶的橡皮塞部分，以免染菌。 
圖 1 濾膜過濾器裝置
3. 將抽濾瓶接上真空泵。
4. 加水樣過濾
直徑 35 mm 的濾膜，所過濾的水量以培養后長出的菌落數不多于 50 個為適宜。一般清潔的深井水或經處理過的河水與湖水等可取樣 300～500 ml；對比較清潔的河水或湖水，可取樣 1～100 ml；嚴重污染的水樣可先進行稀釋；未知的水樣可做三個稀釋度，選擇菌落數合適的稀釋度進行計算。本次實驗于過濾器漏斗內加入比較清潔的河水或湖水 100 ml，加蓋。
5. 開動真空泵進行油濾。
6. 抽完后，加入等量的滅菌水繼續抽濾，目的是沖洗漏斗壁。
7. 濾畢，關上真空泵，用滅菌鑷子取濾膜邊緣，將沒有細菌的一面緊貼在伊紅美藍瓊脂平板上，如圖 2。濾膜與培養基之間不得有氣泡。 
圖 2 從濾膜座上將濾膜轉移到 EMB 瓊脂平板上及培養后的菌落圖
8. 將平板倒置于 37 ℃ 下培養 22～24 h。
9. 選擇符合大腸菌群菌落特征的菌落，進行計數。
10. 計算
1 L 水樣中的大腸菌群數＝濾膜上的大腸菌群菌落數×10
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