清華大學Cell子刊發表CRISPR新文章

發布時間：2014-10-24 15:27 原文鏈接：清華大學Cell子刊發表CRISPR新文章

　　來自清華大學、哈佛醫學院和斯坦福大學等機構的研究人員，通過優化sgRNA的參數提高了CRISPR/Cas9系統在果蠅中的特異性和效率。研究結果發布在10月23日的《Cell Reports》雜志上。

　　清華大學醫學院的倪建泉（Jian-Quan Ni）博士和斯坦福大學的Jin Billy Li教授是這篇論文的共同通訊作者。倪建泉的主要研究方向包括干細胞增殖與分化機制、細胞信號的調控與協同、細胞信號與表觀遺傳學，以及分子和遺傳工具的研發。

　　在過去的幾年里，人們見證了序列特異性的DNA 核酸內切酶技術的驚人發展，其能夠在模式生物中實現精確的基因組編輯，為大大提高我們對于發育生物學和疾病的理解帶來了希望。就成本、設計和效率各方面而言，CRISPR/Cas9系統相比于鋅指核酸酶(ZFN)和轉錄激活因子樣效應物核酸酶(TALENs)都具有很多的優勢。但盡管強大的CRISPR/Cas9系統有著廣泛的用途，它的特異性和效率仍是用戶群共同關心的兩個問題。

　　一些哺乳動物細胞研究表明，單導向RNA (single-guide RNA,sgRNA)和基因組DNA之間核苷酸錯配的數量、位置和分布是影響脫靶效應和誘變效率的主要參數。還有研究證實Cas9和sgRNA的表達水平共同影響了誘變效率和脫靶效應。但大多數的細胞系研究都沒有獨立評估Cas9和sgRNA，一項體內研究表明在某一Cas9表達范圍內sgRNA參數是影響特異性和效率的主要因素。

　　近期，國內外的醫學研究人員開發出了用于果蠅的CRISPR/Cas9系統。但還沒有系統研究評估CRISPR/Cas9系統的效率和特異性。人們迫切期望能夠對影響CRISPR/Cas9系統在果蠅中特異性和效率的參數展開系統性的調查。

　　在這篇文章中研究人員發現，脫靶效應并不存在于與sgRNAs有三個或更多核苷酸錯配的基因組DNA區域。重要的是，他們證實了誘變效率與 sgRNA的6個前間區序列鄰近基序近端核苷酸（protospacer-adjacent motif-proximal nucleotides, PAMPNs）的GC含量之間呈強正相關。

　　此外，研究人員證實通過按照他們確定的優化濃度注入精心設計的sgRNA質粒，可以在一個步驟中有效生成4個基因的突變。最終，利用優化的參數他們通過同源介導的修復(Homology-directed repair, HDR)生成了HP1a的無效等位基因，并獲得了相比以前報告的要顯著高得多的總誘變率。

　　新研究工作證實了綜合優化sgRNA有望大大簡化在果蠅中的CRISPR/Cas9實驗。