測序基因組勘探食品污染

　　 上周，兩家公司因李斯特菌食品感染發令召回其所有產品。Sabra Dippin召回30,000例鷹嘴豆泥制成的食品，至今疾病防治中心未發現因食用該公司食品造成的食物中毒或死亡的病例。然而，堪薩斯州的藍鈴冰激淋工廠（Blue

　　Bell Creameries）已確認有少量食品原料已感染李斯特菌，目前三人因食物中毒死亡。藍鈴冰激淋工廠已擴大其產品召回范圍，并暫停了俄克拉荷馬州分廠的生產運營。

　　食物傳染疾病不是什么新鮮事兒，但過去此類傳染性疾病與現在大不相同。1911年，一家波士頓乳制品企業未對其乳制品進行巴氏滅菌，導致2000人感染鏈球菌性扁桃體炎，48人死亡。1924年，因食用生蠔引發的傷寒癥奪去了12座城市共計150條人命。“現在人們幾乎不會感染這些疾病”美國疾病防治中心食物傳播性、水傳播性及環境性疾病分會副會長陶克斯（Robert Tauxe），美國農業部食品安全及檢驗局的實驗室負責人Emilio Esteban如是說。

　　現今，食物傳染性疾病的危險性表現得更為突出，甚至比早年各類疫情更為可怕。食品行業從過去的小規模經營發展至跨國經營，新的疾病也隨之誕生——沙門氏菌、大腸桿菌、李斯特菌——大規模商品流通意味著疫情可以在同一時間跨越國界感染成百上千個人。Tauxe和Esteban列舉了過去30年中爆發的三大疫情：1986年，3200人因食用含有變質雞蛋的意大利面而感染沙門氏菌；1993年，西海岸的大腸桿菌疫情爆發源于未煮熟的漢堡，當時上百人食物中毒，四名兒童死亡；1996年，20個國家近1500人因食用感染寄生蟲的樹莓而患病。據美國疾病防治中心統計，每年因食物感染性疾病患病的人數高達4800，約3000人因食物感染死亡。

　　超過三分之二的疫情病因仍未確定。幾個國家數據庫已經開始對引發疫情的病原體進行跟蹤，如美國疾病防治中心的FoodNet。除此之外，高科技對食物樣品進行分析與傳統的向病人詢問病例相結合，二者雙管齊下試圖揭開食物傳染性疾病之謎。

　　近年來，（美）食品及藥物管理局開始采取全基因組測序對疫情進行調查。食品及藥物管理局微生物部門分責人埃里卡·布朗（Eric Brown）解釋說，基因組測序最初是用來探索沙門菌詳盡的基因信息。直到2009年，意大利臘腸中檢測出沙門氏菌，食品及藥物管理局才正式開始采用全基因組測序對食物有害成分進行鑒定。科學家對臘腸上的果仁及蔬菜進行分析，以確定到底哪種食物被感染。

　　“在此次試點試驗過程中，我們對開心果、胡椒以及冰箱中所有沙門菌株進行測序，并將上述菌株與之前測序好的臨床菌株進行比較，”布朗提到。“這就好比是從使用在好市多（Costco）購買的后院式望遠鏡觀測星象到換用哈勃望遠鏡的巨大跨越。”

　　Errol Strain是美國食品及藥物管理局負責食品安全和應用營養學的數學統計員。他指出當局正在對引發食物傳染性疾病的病原菌進行全基因組測序。測序結果儲存在食品及藥物管理局的公開訪問數據庫Trakr中。Strain指出在疫情大面積爆發之前，如此精確的數據使美國食品及藥物管理局的偵探工作輕松了不少。例如，2014年因堅果黃油爆發的疫情看上去與幾個不相干的菌株有關，最終通過基因組測序出其食品感染源。

　　Strain建議，基因組測序可以成為食品業下一步保護其產品免受污染的一種方式。去年，美國食品及藥物管理局設置了一系列關于攻克食品安全的獎項，以此鼓勵創新保護公眾安全。參賽者需要在鮮活農產品中勘測出沙門氏菌取得技術性突破，入圍選手將獲得20,000美元獎勵。

　　污染物一旦被勘測就會被一直追蹤至配送中心，這樣就能有效召回。1973年商品條形碼推出之后，應用于食品行業的追蹤技術得到進一步提高。無線射頻識別技術——使用無線射頻對食物進行追蹤——價格不菲，但能夠快速查找到受污染的食品。其它高科技召回技術還包括二維碼和DNA條碼。

　　醫師約翰·斯諾曾查出供水系統中的微生物在短短三天時間內奪去了百余人的生命，在約翰·斯諾于1854年解決英國霍亂疫情以來，我們在此領域已經研究了很長一段時間。鑒于微生物理論在那時并未得到廣泛認可，斯諾曾費勁千辛說服其他醫師和公眾認可他的發現。基因食品安全措施的好處之一在于，基因層面上的完美匹配度難以爭辯，這一證據足以讓人信服。