對功能性腹瀉患者應實施個體化的治療方案，對由于應激事件引起的腹瀉患者，需對其進行詳細的病情解釋，有助于緩解患者的焦慮情緒。
1.飲食治療
詳細詢問患者的飲食習慣。面食、乳制品、柑橘類水果、蛋類、洋蔥、咖啡因及酒精等均可能引發功能性腹瀉患者癥狀。因此，限制這些食物將有助于緩解患者的腹瀉癥狀。
2.藥物治療
若改變生活方式無效，可采用藥物治療。常用的抗腹瀉藥物有洛哌丁胺和苯乙哌啶，此類藥物通過與阿片受體結合，阻止膽堿能神經末梢釋放乙酰膽堿，而發揮抗腹瀉作用。洛哌丁胺還有非阿片樣作用達到止瀉目的。
