毛細管電泳根據分離模式不同可以歸結出多種不同類型的毛細管電泳。毛細管電泳的多種分離模式，給樣品分離提供了不同的選擇機會，這對復雜樣品的分離分析是非常重要的。
毛細管電泳類型
類型 | 縮寫 | 說明 | |
1 單根毛細管 | 毛細管區帶電泳 | CZE | 毛細管和電極槽灌有相同的緩沖液 |
毛細管等速電泳 | CITP | 使用兩種不同的CZE 緩沖液 | |
毛細管等電聚焦 | CIEF | 管內裝pH 梯度介質，相當于pH 梯度CZE | |
膠束電動毛細管色譜 | MEKC | 在CZE 緩沖液中加入一種或多種膠束 | |
微乳液毛細管電動色譜 | MEEKC | 在CZE 緩沖液加入水包油乳液高分子離子交換 | |
毛細管電動色譜 | PICEC | 在CZE 緩沖液中加入可微觀分相的高分子離子 | |
開管毛細管電色譜 | OTCEC | 使用固定相涂層毛細管，分正、反相于離子交換 | |
親和毛細管電泳 | ACE | 在CZE 緩沖液或管內加入親和作用試劑 | |
非膠毛細管電泳 | NGCE | 在CZE 緩沖液中加入高分子構成篩分網絡 | |
2 單根填充管 | 毛細管凝膠電泳 | CGE | 管內填充凝膠介質，用CZE 緩沖液 |
聚丙烯酰胺 毛細管凝膠電泳 | PA- CGE | 管內填充聚丙烯酰胺凝膠 | |
瓊脂糖毛細管凝膠電泳 | Agar- CGE | 管內填充瓊脂糖凝膠 | |
填充毛細管電色譜 | PCCEC | 毛細管內填充色譜填料， 分正、反相于離子交換等 | |
3 | 陣列毛細管電泳 | CAE | 利用一根以上的毛細管進行CE 操作 |
4 | 芯片式毛細管電泳 | CCE | 利用刻制在載玻片上的毛細通道進行電泳 |
5 聯用 | 毛細管電泳/質譜 | CE/MS | 常用電噴霧接口，需揮發性緩沖液 |
毛細管電泳/核磁共振 | CE/NMR | 需采用停頓式掃描樣品峰的測定方法 | |
毛細管電泳/激光誘導熒光 | CE/LIF | 具單細胞、單分子分析潛力 |