采樣后，經過涂片、染色進行顯微鏡檢查。本法簡便、報告迅速、無須特殊藥品和器材等。一般采用最常用的革蘭（Gram）氏染色法，可報告革蘭氏陽、陰性球菌或桿菌，如能密切結合臨床資料，仍有一定診斷參考價值。
（1）咽壁涂片 疑有咽白喉時，如涂片檢出白喉棒狀桿菌對診斷意義很大。咽、喉結核有時涂片（用抗酸染色法）或可發現結核分枝桿菌。在發生壞疽性口炎時，涂片檢到梭形桿菌亦有助于診斷。
（2）鼻分泌物涂片 鼻白喉或疑為瘤型麻風伴有鼻粘膜損害時，從鼻粘膜取粘液涂片，前者可找到白喉棒狀桿菌，而后者或可發現麻風桿菌。
（3）膿液涂片 以膿液作涂片或培養，找到致病菌，有助于分析細菌的致病作用和選擇抗菌藥物。常見的化膿性細菌有葡萄球菌、鏈球菌、肺炎鏈球菌、大腸桿菌和綠膿桿菌等。
（4）皮膚采得組織液涂片 疑似流行性腦脊髓膜炎者，在皮膚淤斑劃痕，取滲出組織液涂片，找腦膜炎奈瑟菌。高度疑似麻風病人，可選擇最活動的皮膚損害，用刀劃到真皮，刮取組織液涂片，如能查到麻風桿菌則有助診斷。
（5）胸腔、心包腔、腹腔和關節囊液涂片 在病理情況下，常可檢到致病菌，最常見的如革蘭氏陽性球菌和陰性桿菌。疑為結核性胸膜炎時，取胸水涂片或可找到結核分枝桿菌。
（6）痰涂片 如遇咯血病人，弄不清是患支氣管擴張還是肺結核時，作一痰液涂片，查找結核分枝桿菌，有鑒別診斷意義。
（7）尿沉渣涂片 可留中段尿標本，置于無菌容器內，及時檢查。在膀胱炎、腎盂腎炎等疾患時，取沉渣涂片常可見革蘭氏陽性球菌或陰性桿菌。疑是結核分枝桿菌感染對，可留24小時尿標本，取其沉渣涂片或可找到結核分枝桿菌。（8）腦脊液涂片 取腦脊液涂片鏡檢發現致病菌，對臨床診斷價值較大。常見的致病菌有腦膜炎奈瑟菌、結核分枝桿菌，革蘭氏陽性球菌或陰性桿菌以及新型隱球菌等。
（9）糞便涂片 在偽膜腸炎時，作糞便涂片，染色檢查，如發現大量革蘭氏陽性球菌，而革蘭氏陰性桿菌明顯減少或消失，可作早期診斷的參考。在腸道真菌感染時，以白色念珠菌感染最為多見，糞便涂片鏡檢可找到酵母樣芽生孢子和假菌絲。
（10）陰道分泌物涂片 若有霉菌性陰道炎時，刮取分泌物少許，涂片、染色、鏡檢找霉菌菌絲、孢子，最可靠方法是進行念珠菌培養。疑是淋病奈瑟菌所致白帶增多，應取宮頸或前庭大腺分泌物涂片、染色、鏡檢，如找到細胞內革蘭氏陰性雙球菌，很有診斷意義。