抗菌肽依其結構可分為多種類型，其中Cathelicidin和Defensin為主要的類型；可將其分為5類：
(1)單鏈無半胱氨酸殘基的α-螺旋，或由無規卷曲連接的兩段α-螺旋組成的肽；
(2)富含某些氨基酸殘基但不含半胱氨酸殘基的抗菌肽；
(3)含1個二硫鍵的抗菌多肽；
(4)有2個或2個以上二硫鍵、具有β-折疊結構的抗菌肽；
(5)由其它已知功能的較大的多肽衍生而來的具有抗菌活性的肽。
其中最早分離到的Cecropins和從非洲爪蟾中分離到的Magainins等屬于第一類抗菌肽，通常也將其稱為Cecropin類抗菌肽，目前對此類抗菌肽的研究也較深入。