溫度梯度PCR是指在退火溫度不太明確時，為了找到最優退火溫度，在一臺PCR儀上同時做多管PCR，每一管放在儀器 內不同列(有的是不同行)上，分別進行PCR(如50℃~60℃可以分6管，分別為50，52，54，56，58，60度)，最后看看哪個溫度的效果最好。總之是用來進行退火溫度優化的。
