核酸疫苗具有潛在而巨大的優越性：
①DNA疫苗是誘導產生細胞毒性T細胞應答的為數不多的方法之一；
②可以克服蛋白亞基疫苗易發生錯誤折疊和糖基化不完全的問題；
③穩定性好，大量的變異可能性很小，易于質量監控；
④生產成本較低。
⑤理論上可以通過多種質粒的混合物或者構建復雜的質粒來實現多價疫苗。
⑥理論上抗原合成穩定性好將減少加強注射劑量，非常少量（有時是毫微克級）的DNA就可以很好的活化細胞毒性T細胞。
