到目前為止發現的各種核酶有以下特點。
（1）核酶的化學本質為RNA或RNA片段。有些核糖核蛋白也有催化作用，但活性中心位于其蛋白質成分上，并不屬于核酶，例如端粒酶。然而，如果核糖核蛋白的RNA含活性中心，則該RNA組分就是核酶，例如核糖核酸酶P分子中的M1RNA。
（2）核酶的底物種類比較少，大多數是自身RNA或其他RNA分子，并因此分為自體催化、異體催化兩種類型。此外還有其他底物，例如肽基轉移酶的底物是氨酰tRNA和肽酰tRNA。
（3）核酶的催化效率比酶低得多。
（4）核酶也具有專一性。例如，M1RNA只剪切RNA前體5′端的額外核苷酸，不剪切其3′端的額外核苷酸及其他序列。
（5）核酶所催化的反應都是不可逆的。
（6）核酶催化反應時需要Mg2+，Mg3+既維持核酶的活性構象，又參與催化反應。
（7）多數核酶在細胞內含量極低。